功能蛋白质组学（Functional proteomics）是由中国生命科学工作者在20世纪90年代后期提出以达到揭示蛋白质组学的一种创新研究战略学说。

大体包括以下几方面概念:

（1）把对蛋白质组学的研究定位于对个别蛋白质的传统蛋白质研究和以全部蛋白质为研究对象的蛋白质组研究之间的层次;

（2）研究的核心内容部分是蛋白质群体研究，从生物大分子(蛋自质、基因)水平到细胞水平研究的重要桥梁环节，包括基因组在内它们之间的非常密切的关系;

（3）从“局部”入手，把研究定位在细胞内与某个功能有关或在某种条件下的一群蛋白质，通过功能蛋白质组学的途径去逐步揭示“蛋白质组（Proteome）”的方方面面。

它的提出是基于蛋白质的种类和数量在同一生物个体的不同细胞中是各不相同的;并且细胞内的蛋白质组是动态的，随时发生着变化;即使是同一细胞，因不同时期、不同条件，其蛋白质组也是在不断改变之中;此外在病理或治疗过程中的细胞内蛋白质组及其变化也与正常生理过程中细胞不同另一方面蛋白质许多性质和功能，不仅要在蛋白质表达水平及r一级结构序列的差异上予以解释，面且还必须从蛋自质空间结构及其动态变化方面给以阐明。为了揭示上述种种规律，故提出功能蛋白质组学。