功能性神经外科是从本世纪30年代Foer-ster根据Jackson癫痫是由于皮质病灶异常放电而致的理论，手术切除痫灶，可治疗癫痫开始逐渐发展为神经外科的一门分支科学。功能性神经外科的概念1956年Wertheimer首先提出。由于人类神经系统基础科学研究的不断发展，各种现代科学技术的不断应用，其概念也不断变化和充实。19世纪来，人们对神经系统的解剖学和生理学基础有了进一步系统的认识，为现代神经外科奠定了基础。

40年代末，立体定向技术的出现，用于治疗锥体外系统疾病，现代功能性神经外科基本形成。70年代人们对神经系统的脑电生理现象有了长足认识，加上植入电极技术的诞生，功能性神经外科的概念有了新的变化，以往均为破坏性手术，自植入电极刺激技术出现，可以不损伤神经组织而治疗功能性疾病。由于显微外科发展，可行显微减压术，恢复其正常功能，使功能性神经外科治疗范围进一步扩大。80年代后又出现了用脑组织移植治疗帕金森氏病。迄今为止、功能性神经外科的手术除破坏性和刺激性手术外，又增加了重建性手术。