别藻蓝素（allophycocyanin），藻胆素的一种，与藻蓝素一样为在蓝藻、红藻及隐藻中普遍存在的光合色素。单聚体由一条α肽链及一条β肽链所组成，分子量约为3万，每一肽链各与一分子的藻蓝素结合。

三聚体的吸收光谱在650纳米有明显的吸收峰，在620纳米有副吸收峰，在近紫外部分的360及306纳米有吸收带，在278纳米有蛋白吸收峰。蓝藻及红藻都一样。别藻蓝素是在藻胆蛋白体的类囊体侧配位结合，有将藻红蛋白及藻蓝蛋白的激发能传递给类囊体的叶绿素α的作用。