凌云书院位于风景秀丽的莆田廿四景之一的“天马晴岚”之天马山中，可谓钟灵毓秀，风水宝地。据载，明嘉靖（壬午）元年(1522年)，兴化郡首朱侯衮，看到天马山幽静迷人的风光，为纪念朱熹来莆讲学而创建“凌云书院”。

据载，明嘉靖（壬午）元年(1522年)，兴化郡首朱侯衮，看到天马山幽静迷人的风光，为纪念朱熹来莆讲学而创建“凌云书院”。

凌云书院建成后，儒学之风如火如荼，引四方学者雅士来院讲学，授徒课业。学风良好，先后出有朱氵制、刘竹天等进士，以及众多的举人、秀才或贡生等等，闻名遐迩。

书院附近为“文峰岩”（始建年代无考，明宣德年间重修）。据传，殿内有一块犹如枕头般的石头，若患病者能放在头上睡觉过夜，其病痛则会立刻消除，神乎其神。山上还有“天马山房”，为明御史朱氵制所建，乃是他少年时期读书的地方。朱氵制罢官归里后，重游旧地，即兴题写“忘归”二字于岩石上，人称“忘归石”。

凌云书院与文峰岩曾一度荒废，甚至被毁。1999年众人捐资重建凌云书院和文峰岩。现在，文峰岩建于凌云书院背后为同一中轴线上，奉祀释迦牟尼等神像。

凌云书院（横匾为原始之物）奉祀文昌帝君、武帝君、朱子和孔子等坐像。最近发现，书院右前端出土一块大石头，状如砚盘，刻有“丰钟”二字，落款为明朱氵制。留下一个历史之谜。