农药国家工程研究中心是经国家计委批准依托
南开大学于1996年开始建设的，建设单位是南开大学元素有机化学研究所。
农药国家工程研究中心引进和调入了具有化学化工、工艺设计、化工设备、植物保护等专业知识与实践经验的工程技术人员；还聘请了一批教授、高级农艺师、高级工程师等科技人员。中国工程院院士
李正名教授任中心主任。
农药国家工程研究中心与
元素有机化学国家重点实验室共建了计算中心；改建了研发实验室,建设了模拟中试车间、生测中心、剂型车间和生产基地，并购置了先进的实验仪器及生产设备。中心贯彻国家计委“实现科技与经济的有机结合” 的指示，控股成立了天津市绿保农用化学科技开发有限公司。中心和公司被原国家石化局批准为生产农药定点企业，并已有五个产品获得国家农业部农药临时登记证,其它新型农药和精细化工产品正在开发和生产之中。
农药国家工程研究中心在国家计委、教育部和天津市科委的支持下，具有自主知识产权的绿色除草剂“单嘧磺隆”已完成六万亩田间药效试验，1999年在天津市科委立项的“绿色除草剂单嘧磺隆开发研究”已通过中试鉴定。超高效除草剂#92825已列入国家科技部2001年重点推广计划。创制除草剂单嘧磺隆的产业化开发项目和创制除草剂NK#94827的研究开发都已列入国家十五攻关项目。经国家教育部和天津市领导部门批准，天津市农药研究所已整建制划归南开大学管理，该所现有20多个带有农药生产三证的产品和农药销售网络，改制后将纳入中心的管理和规划。