内阁大库档案按时代划分，可分为明档，清初为修明史而征集的明代天启、崇祯年间的题行稿等档案及旧存实录、诰敕等。盛京旧档，清入关前后金天聪、崇德年间的满文档案等，清初由盛京移至京师。清档，清入关后形成的题本等各种档案、图册、试卷等。清档按其用途大体可分为以下几类：内阁承宣或进呈的文件，记载国家政务的文件，官修书籍及为修书而搜集的文件，内阁日常公事的文件等。按其文种区分则包括红本、史书、实录、圣训、起居注、敕书、诏书、表章、各种档册、舆图、明档、满文老档等。其中红本最多，其次是史书。由于年积月累，数量甚多，库房小，条件差，损坏相当严重。光绪年间销毁不少。宣统中，内阁大库中所存档案与书籍曾经交归学部，分贮于国子监南学和学部大堂后楼。
1913 年历史博物馆接收上述档案，移至端门保存。后因财政困难将8000 袋档案卖给纸店制浆，罗振玉将其赎回，抢救了这批档案。1925 年故宫博物院成立后，对内阁大库档案进行了卓有成效的抢救及整理工作，不仅分类分包，编排上架，还编辑出版了《掌故丛编》、《文献丛编》、《史料旬刊》、《清季教案史料》等书，以及史料汇编、图集、目录、论文集等，共50 余种370余册。利用档案进行学术研究的工作也开始起步。这些档案历经战乱和政权更迭，大都保存下来了。现存于
中国第一历史档案馆的明档有3000 多件（册），清档有1000 余万件（册）。一史馆对存档进行了分类编排，分包编号，缮写目录，使所有存档皆可查找。并且组织力量建立了明档全宗和清档之内阁、军机处、内务府等74 个全宗。编选刊印了大量档案史料，如《中法战争》、《天地会》、《清代档案史料丛编》等史料专辑；又如《康熙朝汉文朱批奏折汇编》等全宗性史料专辑。国内外一批利用档案史料获得的研究成果也在陆续发表。
抗日战争时期运往南京，现存台湾台北故宫博物院的清档约有200 多万件（册），也都整理编目，或复制胶片，或印刷出版，足资利用。此外，散见于国内各省及海外的明清档案也为数不少，有待于汇集整理，以飨研究者。