内部控制制度设计是会计部门与其他有关职能部门在处理经济业务过程中相互联系又相互制约的一种管理制度的设计。这部分内容的设计是要建立一种防止错误和弊端发生的手段，它是会计制度设计的一个组成部分。设计内部控制制度的基本原理是将业务工作进行合理的分工与协调，并以一定的顺序、手续明确当事人的责任和职权，将财产实物的经办人与会计工作人员完全独立开来。

处理每一项经济业务的全过程，必须由两个或两个以上的人员起到彼此制约、互相监督的作用。具体设计时要考虑各业务之间紧密相关的特点，如各项记录和格式的设计要考虑帐户的分类，又要考虑内部控制制度的分工问题。会计制度设计人员应将它们联系起来加以考虑，使整个制度严密协调，合理适用，既不繁琐复杂，又要保证核算的全面性、科学性和系统性，有利于促进会计工作素质的不断提高。