内蒙古草上飞足球俱乐部前身
包头市南郊足球俱乐部成立于1998年。在获得
2014年中国足球协会业余联赛第10名后，升入2015年
中国足球协会乙级联赛。2018年12月24日更名内蒙古草上飞足球俱乐部。
包头南郊足球俱乐部前身包头南郊联社足球队由包头市南郊农村信用合作社联合社于1998年组建的职工足球队，后来在过渡为俱乐部会员制球队，队员承担日常训练费用，南郊联社赞助球队比赛经费。
早年参加包头市足球比赛时，南郊队因为实力有限，总是不能取得满意的成绩，但因为全队敢打敢拼，与强队比赛也总不处下风。2005年后球队建设越来越健全，聚集了一批全市范围内真心喜欢足球并能够投入这项运动的佼佼者，虽然没有一名队员是专业队出身，但秉承“团结拼搏、勇攀顶峰”的球队精神，南郊逐渐在包头的各项赛事中展现出强队的风范。
南郊俱乐部是包头市存在时间最长没间断参赛的足球队伍，昔日的城市豪门只有南郊一直坚持了下来。在同城市老牌业余强队包钢无缝、包头地税、龙腾、福清等俱乐部多年的竞争中，南郊逐渐地成熟了起来并取得了骄人的战绩。
2014年在市政府和市体育局的支持下，一度更名为
包头鹿城足球俱乐部，参加
2014年中国足球协会业余联赛，不仅杀入2015年中国足协杯的正赛，还获得了2015年
中国足球协会乙级联赛的资格。2014年12月25日正式注册成立包头市南郊足球俱乐部有限公司，2015年1月25日又注册包头市鹿城足球俱乐部有限公司。
2015年，俱乐部以“包头南郊联社队”的名义参加
中国足协杯。在2015年中乙联赛第三轮至第十轮，包头队以“内蒙古明华”的名义参赛，在由于赞助未到位解约后，以“包头南郊鹿城”名义参赛。
2017年，球队冠名“包头鹿城草上飞”，赛季末仅联赛列第23名，在与中国足球协会业余联赛第五名延边北国的附加赛中落败。但由于新赛季有俱乐部退出和没通过准入制审核，递补回归中乙联赛。
2018年12月24日，更名为内蒙古草上飞足球俱乐部。2019年1月14日，中国足协在官网发布了《关于包头市南郊足球俱乐部有限公司更名的公告》，同意包头市南郊足球俱乐部更名为内蒙古草上飞足球俱乐部。