内蒙古自治区农牧业科学院畜牧研究所成立于1954年，围绕自治区牧业经济建设的实际需求，以
内蒙古丰富的家畜品种资源为研究开发对象，以遗传育种、品种培育、高新技术为重点，开展基础研究、应用研究和开发研究。
该所在探索草原畜牧业高产优质种畜培育新理论、新技术方面取得了突出的成绩，为传统畜牧业与日新月异的国际家畜育种高新技术之间搭起一座沟通的桥梁，为内蒙古家畜育种理论和技术赶上世界领先水平做出了积极的贡献，对加快自治区家畜品种改良进程，提高
畜牧业生产效率起到了巨大的推动作用。
畜牧研究所先后承担完成了400多项国家级、自治区级和国际合作项目。主持和参与了25个品种的培育以及相关配套技术的研究和应用。“八五”以来承担科研项目近百项，在国内外专业期刊及
出版社发表、出版学术论文专著数百篇（部）；获得国家科技部科技进步奖、
农业部丰收、星火奖、
自治区科技进步奖共计35项。近年来科研经费达400～500万元/年。