内蒙古民族大学蒙医药学院是内蒙古民族大学下设二级学院。

1958年，内蒙古自治区人民政府批准建立哲里木盟通辽卫生学校。

1978年，在通辽卫生学校基础上成立哲里木盟医学院。哲里木盟医学院分大学部和中转部，大学部设蒙医学和临床医学两个本科专业。

1979年，哲里木盟医学院更名为哲里木医学院。

1980年10月，内蒙古民族医学院（筹）从呼和浩特市迁址到通辽市与哲里木医学院合并组建了内蒙古民族医学院，从此学院改名为内蒙古民族医学院，确立以蒙医学教育为主题的办学方针。

1981年，创建蒙医系。

1984年，中专部分离恢复了哲里木盟卫生学校原建制。

1985年，蒙医学专业被评为自治区重点扶持专业。

1987年2月7日，改为内蒙古蒙医学院，于同年4月20日召开成立大会。

1988年，招收首届蒙药专业专科班级。

1995年，增设招收蒙医骨伤专科专业。

2000年7月16日，内蒙古民族师范学院、内蒙古蒙医学院、哲里木畜牧学院合并成立内蒙古民族大学，于10月14日成立蒙医药学院。

2012年，蒙药学获批“服务国家特殊需求博士人才培养项目”。

2021年，获批中药学一级学科博士学位授权点。

2023年，获批内蒙古自治区蒙药学拔尖学生培养基地。

截至2024年5月，学院设立5个教研室，开设2个本科专业。

教研室：蒙医基础综合教研室、蒙药鉴定与药用植物学教研室、蒙药化学与药理教研室、蒙药综合教研室、药物制剂与工程教研室

本科专业：蒙药学、药物制剂

截至2024年5月，学院有教职工63人，其中具有高级职称人员26人，博士学位人员36人，有专兼职博士生导师22人、硕士生导师46人；有享受国务院政府特殊津贴专家2人，全国先进工作者1人，内蒙古自治区杰出人才2人，“草原英才”8人，内蒙古自治区突出贡献专家8人，内蒙古自治区高校教学名师1人，内蒙古自治区优秀教师3人，内蒙古自治区名蒙医2人，内蒙古自治区高校优秀教育工作者1人，内蒙古自治区高校优秀党务工作者1人，内蒙古自治区高校优秀共产党员2人，内蒙古自治区民族团结进步先进个人1人，内蒙古自治区优秀科技工作者1人，内蒙古自治区“三八”红旗手1人，内蒙古自治区最美科技工作者1人，“乌兰夫蒙古语言文字奖”获得者1人，“中药现代化科技产业基地建设十周年”获得者1人，全国高校辅导员年度人物提名奖获得者1人。

截至2024年5月，学院有国家级一流本科专业1个，国家级特色专业1个，内蒙古自治区品牌专业2个，内蒙古自治区优质精品课程1门，内蒙古自治区精品课程5门，内蒙古自治区一流本科课程2门。

截至2024年5月，学院承担国家中医药管理局“21世纪高等学校蒙医学专业教材”和国家教育部“面向21世纪教育振兴行动计划高等教育蒙医药学规划教材”编写任务，已出版本科教材36部、博士研究生教材11部。

截至2024年5月，学院拥有一级学科博士学位授权点1个，一级学科硕士学位授权点2个，硕士专业学位授权类别1个，国家中医药管理局高水平重点学科1个，内蒙古自治区“一流学科”1个。

截至2024年5月，学院拥有3个国家级科研平台，3个内蒙古自治区重点实验室，1个内蒙古自治区工程研究中心，1个内蒙古自治区中（蒙）药资源开发集成攻关大平台。

国家级科研平台：蒙药研发国家地方联合工程研究中心、蒙医药研发工程教育部重点实验室、国家药品监督管理局中药（蒙药）质量控制重点实验室

内蒙古自治区重点实验室：内蒙古自治区高校蒙医药研发工程重点实验室、内蒙古自治区蒙医药重点实验室、内蒙古自治区蒙医药研发工程实验室

内蒙古自治区工程研究中心：内蒙古自治区蒙药工程技术研究中心

截至2024年5月，学院累计获准各类科学研究项目300余项，获准科研经费近1亿，其中包括国家重点研发计划“中医药现代化研究”重点专项、国家科技支撑计划项目、国家973前期研究专项课题、国家自然科学基金、国家社会科学基金、自治区自然科学基金等各类重大项目；获得自治区级以上科技成果奖励14项，获得6个新药专利证书，授权国家发明专利40余项。

2022年6月10日，为促进大学生文化艺术素质的全面发展，传承弘扬优秀文化，学院团总支开展了以“正青春·颂中华”为主题的歌手大赛。2023年5月27日，为弘扬中华民族优秀传统文化，激发学生对中华经典的热爱，学院团总支举办以“书香新时代，典亮新征程”为主题“诵读中国”经典诵读大赛。2024年7月12日，为深化民族团结进步教育，弘扬中华民族优秀传统文化，学院在内蒙古高格斯台罕乌拉国家级自然保护区举办“民族团结我践行”主题晚会。