公司前身呼和浩特卷烟厂于1966年建成投产，2003年在地方各级党委、政府的大力支持和
内蒙古自治区烟草专卖局（公司）的正确领导、关心与支持下，经
国家烟草专卖局（简称“国家局”）批准，采取内蒙古自治区烟草公司以呼和浩特卷烟厂经评估后的净资产与云南昆明卷烟厂共同投资的方式，组建内蒙古昆明卷烟有限责任公司，实现了与昆明卷烟厂的联合重组，企业由工厂制向公司制转变。2004年企业开始以公司制运营，11月国家局对蒙昆公司的管理体制进行了调整，将内蒙古自治区烟草公司持有的蒙昆公司的股权通过法定程序和审批手续调整为
中国烟草实业发展中心持有，企业的发展掀开了新的一页
企业设计卷烟生产能力30万箱/年，生产计划从1989年核定至2004年为24万箱，2005年公司的生产计划增加为26万箱，2006年生产卷烟28万箱。设有部（室、中心）15个。截至2007年4月底，公司在册员工2618人，其中在职1757人(大中专学历603人，中级以上技术职称152人)、内退313人、离退休548人。依据公司定岗定员办法，搬迁后企业定员人数为1338人，“十一五”末实现1050人的主业编制。技改搬迁后企业拥有5000kg/h制丝生产线1条，卷包联合机组12台（套）、滤棒成型机5组。公司生产
厂区占地面积17.0907万平方米，原料仓库位于机场北侧，占地面积10.0815万平方米。
内蒙古昆明卷烟有限责任公司生产制造部始终坚持把提高员工素质放在重要位置，每年定期开展烟机设备职业技能竞赛，覆盖生产一线全部岗位员工。积极参与行业各级单位举办的技能比武，2018年参加中烟实业举办的烟机维修大赛，获得优秀奖；2019年代表蒙昆公司参加红云红河集团举办的财务知识竞赛，荣获三等奖；2020年参加中华全国总工会举办的SD5型切丝机操作技能竞赛，荣获优秀奖。着力开展精细型、对口性培训，补齐短板，切实提升员工岗位适配能力。自主开发建立职业专项员工培训题库，年平均培训4000余人次，2015年以来部门先后有6人考取高级技师职业资格，18人考取技师职业资格，持有行业高级职业技能等级资质的员工占比达27%。2018年被授予内蒙古自治区工人先锋号。