内源污染主要指进入湖泊中的营养物质通过各种物理、
化学和生物作用，逐渐沉降至湖泊底质表层，当累积到一定量后再向水体释放的现象。内源污染也称为内源负荷。
内源污染主要指进入湖泊中的营养物质通过各种物理、化学和生物作用，逐渐沉降至湖泊底质表层。积累在底泥表层的氮、磷营养物质，一方面可被微生物直接摄入，进入
食物链，参与
水生生态系统的循环；另一方面，可在一定的物理化学及环境条件下，从底泥中释放出来而重新进入水中，从而形成湖内污染负荷。
沉积物对外源氮、磷的接纳有一个从汇到源的转化过程，即随着外源污染的不断累积，沉积物中的氮、磷开始向水中释放。在这种情况下，即使切断了外源污染，内源污染也会在相当长的时间阻止水质的改善。这是在湖泊治理中需要考虑的。在浅水湖泊中，内源污染既是
蓝藻水华形成的重要因素之一，蓝藻水华反过来又会促进内源磷（而非氮）的大量释放，导致N/P比的下降。内源污染还会阻止湖泊从浊水到清水的
稳态转化，给湖泊的生态修复带来困难。