兵马司，官署名。中国古代朝廷的军事机构之一。在清朝，主要从事京城（北京，但是不包含紫禁城）的治安。

元有大都路兵马都指挥使，分南北二司，掌京城警备事务，另有左、右警巡院掌民事及供需。明裁省警巡院并入兵马司，增置中、东、西三城，置中、东、西、南、北五城兵马指挥司，各置指挥、副指挥，画境分领京城内外，掌维持京城治安，疏理街道沟渠及囚犯、火禁等事。在清朝，主要从事京城（北京，但是不包含紫禁城）的治安。该兵马司辖下军队分驻京城各地，主管为文官建制的兵马司指挥使。1910年代，清朝灭亡后，该机构废除。