系统的保护关税理论产生于美国和德国。18世纪末叶，美国第一任财政部长汉密尔顿根据美国摆脱英国殖民经济统治、发展本国经济的需要，强调要用关税来保护本国幼稚工业的发展。在汉密尔顿的主持下，
美国联邦政府于1789年首先颁布了保护关税税则。1841年，德国历史学派先驱李斯特出版了《
政治经济学的国民体系》一书，系统地论述了国家采取保护贸易政策和保护关税政策，以发展本国工业的理论。他站在德国
工业资产阶级的立场上，针锋相对地反对英国古典经济学派代表亚当·斯密等人的自由贸易理论。李斯特认为，自由竞争只有当两个国家在工业发展上处于大体相当的地位时，才能对双方有利。在没有限制的竞争下，一个不发达的国家不论在生产上存在什么自然优势，如果不加以保护，工业就不会取得有效的发展和完全的独立，因此必须采取贸易保护政策，而关税是保护国内工业的主要手段。他从自己的生产力学说出发，反驳了自由贸易主义者认为关税会给国家带来损失的论点。他说：财富本身和财富的原因(生产力)不同，财富的生产力比之财富本身不知要重要多少倍。保护关税如果会使财富有所牺牲的话，它却使生产力有了增长，足以抵偿损失而有余。保护关税在初行时会使工业品价格提高，但是在国家建成了自己的充分发展的工业以后，这些商品由于国内生产成本较低，价格是会跌落到国外进口产品以下的。
李斯特还指出：由于各国在工业发展过程中所处地位不同，税率的修改必须逐步提高或降低。提高和降低到什么程度，要看落后国家与先进国家之间的具体情况。如果任何技术工业不能用原来的40%～60%的保护税率建立起来，不能依靠在20%～30%的税率的不断保护下持久存在，这个国家就缺少这种工业力量的基本条件。他还进一步提出，在机器制造业比较落后的国家，对于复杂机器的进口应当允许免税，因为机器工业是工业的工业。
发达国家对农产品加工产品设置较高的关税保护，使其国内生产成本高于国际成本时仍能继续维持生产，人为地增加了发达国家国内加工品的附加值。例如，欧盟通过征收较高的附加税来保护其加工业，欧盟的加工食品(不包括初加工阶段)占所有关税高峰农产品的30%，税率从12%到100%不等。欧盟对谷物和以糖为原料的加工品、水果制品、罐装果汁等征收高关税。美国的加工食品占关税高峰农产品的1/6，且税率在12%～100%。例如，橘子汁关税达31%，花生油达132%，烟草产品达350%。日本的加工食品占关税高峰农产品的40%，包括人造黄油、罐装的肉和肉制品、口香糖和其他糖甜食、可可粉和巧克力、意大利面食和其他谷物产品、腌制水果和蔬菜、果汁、咖啡、果汁茶及提炼品、香烟、烟草等。
关税保护原则(PrincipleOfCustomsDutiesasMeansofProtection)是指肯定关税保护是合法的手段，禁止、取消或限制各种
非关税壁垒措施，同时要求在互惠的基础上，通过
多边贸易谈判削减各缔约方关税。具体内容为：
虽然乌拉圭回合已取得了削减关税三分之一以上的预期效果，但由于各缔约方经济发展处在不同的发展阶段，经济实力差异较大导致各缔约方之间税率悬殊的情况将长期存在，因此关税保护仍有其旺盛的生命力。
在不同的国家、不同的进口商品和不同的时期政府征收关税的主要目的并不相同，有以增加国家税收为目的的关税，有以保护国内产业为目的的关税，有以保持
国际收支平衡为目的的关税等等。就保护国内产业的关税来说，征收关税的作用是增加进口商品的成本，使进口商品在国内市场的价格上升，从而使那些价格相对较高的国内产品能够与之竞争。
关税是世贸组织惟一允许的保护国内产业的手段，对发展中国家来说，允许保护的条件更宽。关税保护较之非关税保护的长处是，国内产业受保护的程度能明确地表示出来，而且允许一定程度的竞争，便于其他国家了解该国的贸易政策和贸易体制。关税减让是每个世贸组织成员的基本任务，关税的保护作用、职能将随着国际贸易的进程而不断削弱。通过8轮
多边贸易谈判，世界关税总水平从40%降低到8%左右。发展中国家为10%左右，发达国家为3%，而我国现有的名义关税为17%，因而必须承诺逐步减低关税水平。随着关税逐步降低并最终走向零关税(关税最后仅存于农产品和
资源性产品)，国内产业的保护将更多地采用技术保护。