古巴以前是西班牙的殖民地。1868年古巴
国父塞斯佩德斯率领他的奴隶（他自己是个古巴土生的开明庄园主，具有独立意识）起义，反抗西班牙
殖民者。虽然他不免失败，但他开始的
十年战争最终导致古巴的独立。就在
独立战争即将取得胜利的时候，美国以其装甲战舰“
缅因号”（Maine）于1898年2月15日在
哈瓦那港爆炸为借口，于同年4月28日向西班牙正式宣战（在那场爆炸里炸死了所有的士兵，但只炸死了两名军官，其他军官都在岸上，因此有说法说美国看古巴快独立了，为了夺取古巴这个“
加勒比海的金钥匙”而自己弄沉了自己的军舰，以便有借口向西班牙宣战），
美西战争爆发。美国的真正目的是为了吞并西班牙的殖民地。美国胜利了，于是原来西班牙的殖民地古巴、
波多黎各和
菲律宾就被美国夺去了。
美国窃取了
古巴的胜利果实，古巴人民当然不答应。为了平息古巴的
反美情绪，美国答应撤军，允许古巴独立。1901年2月25日，
美国参议院外委会主席奥维尔·普拉特（Orville Platt）向
美国国会提出一项关于古美关系的修正案（这就是著名的“
普拉特修正案”），作为陆军拨款法案的补充条款。在美国无限期占领古巴的威胁和欺骗下，古巴
制宪会议被迫在同年6月12日以16票对11票勉强通过这项修正案，并将它作为附录载入古巴宪法。修正案一共有八条，其中第七条的内容是：“古巴政府应向美国提供建立
储煤站和
海军基地所需之领土”。1902年5月20日，亲美的Tomás Estrada Palma就任
古巴共和国首届总统，古巴共和国宣告成立。美国在确保其对古巴的控制后，才结束了其对古巴长达四年的
军事占领，从古巴撤出军队，并承认古巴的“独立”。其后美国利用普拉特修正案于1903年2月租借了古巴的
关塔那摩湾和
翁达湾（Bahía Honda，在古巴西部）为海军基地。几年后，美国未经使用就放弃了翁达湾，代之以扩大关塔那摩基地的面积。
除了军营、监狱等
军事设施以外，美军还在里面建有电影院、教堂、高尔夫球场等供军队和其家属娱乐的设施以及自己的风力发电站。而淡水是由
牙买加购买运过去的，不使用
古巴的淡水。基地与古巴的
分界线是一条公路，公路两侧埋着地雷，但是公路是可以
走车的，归古巴管理。基地周围的古巴土地是古巴的
军事管理区，用
铁丝网围着。在这个军事管理区里面有两个小镇，各在海湾的一侧，一个叫Boquerón，一个叫Caimanera。Caimanera离基地更近，据说在那里不用望远镜就可以清楚地看见美军哨兵的样子。但是去那里极难，必须要有古巴内务部的许可。这个军事管理区古巴人也不是可以随便进的。在管理区里工作的军人当然可以，管理区里（那两个小镇）的居民也可以，凭自己在当地的
身份证。家不在管理区内而在管理区内有亲戚的要串亲戚需要内务部批准。
自从
古巴革命成功以后，古巴政府一直不承认该基地的
合法性，一直坚持美国归还该基地是
古美关系正常化的五个基本要求之一。自从革命成功以后古巴未收取一分钱的租金，因为如果收了就等于承认该基地的所有权是美国。