关东都督府（日本语：かんとうととくふ1906.9—1919.4）是1905年日俄战争日本占领旅大地区后所成立的军政机构，前身是关东总督府。

1905年9月5日，日俄签订了《朴次茅斯条约》。条约中涉及中国的两条：一是日本从俄国人手中夺取了被沙皇俄国租借的辽东半岛南端——所谓的“关东州”，二是日本夺取了长春（宽城子头道沟）至旅顺之间的铁路以及有关沿线与支线矿业的权利。

1905年9月26日，日本制定了《关东总督府勤务令》，设关东总督，直隶于日本天皇，其任务为统辖所指定的军队及其他各机关，守备关东州，监督民政，统辖管理卫生及兵站事务。日人大岛义昌（陆军大将）就任总督，本部设于辽阳，关东总督府正式成立。日俄战争后，在关东总督指挥下，留驻了两个师团，约1万兵力。这便是关东军的前身。

1906年9月1日，关东总督府改为“关东都督府”。

1919年4月12日，日本政府以第94号敕令公布《关东厅官制》，成立关东厅（日本语：かんとうちょう）取代关东都督府，结束了10余年的“半军政统治”，开始了所谓“军民分治。《关东厅官制》规定，关东厅辖区与关东都督府同，设关东长官1人，其职司为“管辖关东州及南满洲的铁道线路警务”，“监督南满洲铁道株式会社事务”。关东厅与关东都督府比较，职能相对缩小，相当于关东都督府的民政部。

关东都督府成立以后，根据《关东都督府法》，建立了隶属于关东都督府的关东州高等法院和地方法院。

关东都督府下设陆军和民政两部，陆军部统率派驻在东北各地的日本军队，民政部掌管关东都督府辖区内除军事事务以外的一切行政事务。

民政部统辖大连、金州、旅顺3个民政署，以民政署长为行政区的地方行政长官。因金州行政区较大，金州民政署又细分为普兰店、貔子窝2个民政支署。1908年10月，金州民政署降为民政支署，隶属大连民政署。普兰店、貔子窝民政支署降为出张所，隶属金州民政支署。

大清光绪三十二年，日本明治39年 ，1906年9月1日关东都督府于旅顺成立，旧址位于旅顺口区友好路59号。前关东总督大岛义昌（日本语：おおしま よしまさ）任关东都督府都督，其职责为“掌握管辖关东州，保护管理南满铁路的有关事务”。关东都督处理外交事务时，受外务大臣的监督；处理军政事务时，受陆军大臣的监督；处理有关作战事宜和军队教育问题时，分别受参谋总长和教育总监的监督。因此，关东都督府成立后，集军政大权于一身的关东都督同外务省等各有关部门之间，因争夺权势而经常发生矛盾。