《风云1949》讲述了1949年4月20日，
中国国民党的
南京国民政府拒绝在
国内和平协定上签字，4月21日，
毛泽东、
朱德向
中国人民解放军联合发布“
向全国进军的命令”。千里长江战线硝烟弥漫、战火连天，4月22日，人民解放军占领南京。全国解放势如破竹，新中国如破晓的红日喷薄而出。
北平和平解放前夕，解放军某师参谋长冯天祥被任命为309办公室副主任。专门负责党中央和毛主席及民主人士的安全保卫工作，并协助中央准备建国事宜。与此同时，南京方面
毛人凤任命老牌特工段云飞为新任北平站站长，命其找出中共中央和毛泽东住地具体位置，开展破坏刺杀活动。
但军事情报接连泄露，而冯天祥决心查出隐藏在内部的特务。中共特工老李暴露被杀，
蒋介石炸毁南苑机场，民间一度恐慌，冯天祥心急如焚。冯天祥派干将林国生打入北平站内部，主动出击，成功瓦解段云飞(李梦男饰)制造的北平暴动，缴获其电台，抓捕了段手下特务。李克农亲自电报毛人凤……
建国大典前夕：毛泽东(
赵亮饰)、周恩来(
孙维民饰)等分别会见民主人士……与此同时，姜希茂领导的党统二局也抓紧了破坏，制定了详细的暗杀名单，决定在天安门制造爆炸事件。