顾名思义，共同祖先是指衍生出一群生物的祖先，它可以指一个特定的类群，也可以指地球上所有的生命。很多人认为，存在一个最后的普遍性的共同祖先，地球上现存的和已经灭绝的所有生物都是自它衍生而来，它被称为LUCA（the Last Universal Common Ancestor）或LUA（the Last Universal Ancestor）。
最原始的共同祖先思想是一种
朴素唯物主义哲学思辨的产物，它可追溯至二千多年前的古希腊哲学家亚里士多德（表1）。它也是进化论推演的一个产物，在十九世纪博物学家和进化论的先驱达尔文那里得到了清晰的表述，即地球上的一切生物都源于一个共同的祖先。但是，为何这样的共同祖先得以诞生？在什么环境下？这个神秘的LUCA到底是什么呢？这些都还是未解之谜！
既然任何一种生物都有它的祖先，那我们就有可能一直追寻下去，直到找出LUCA。将这样的一种追寻过程描绘出来，就可得到一个像图1这样的生命的系统发生树（Phylogenetic tree）或演化树（evolutionary tree）。如果准确无误，就可根据这样的树状图找出具有共同祖先的各物种之间的亲缘与进化关系。在这样的图中，节点代表各分子的最近共同祖先，枝条长度表示进化距离。为了构建这样的系统发生树，人们必须遴选出一些关键的生命特征，还需借助于一系列的数学工具，如
矩阵法、
最大简约法、最大拟然法和后验概率法等。但是，无论特征如何恰当，也无论手段如何先进或复杂，对一个生存环境如此复杂而广阔、经历了几十亿年漫长的演化历程依然还栖息着数以百万计的生物物种（据估计这不过是地球上曾经存在过的物种总数的1%）的地球生命世界来说，任何这样的系统发生树也只不过是真实进化关系的一种概略性的推测或估计。
照理来讲，只要能够构建出可信的
系统发育树，就意味着生命起源与进化的问题得到了解决。换言之，一个准确无误的包容了所有生物类群的生命之树（无论基于形态结构还是分子结构或其它生命特征）的构建就是共同祖先理论的最终实现。但是，实际情况如何呢？显然，这并非易事，因为至今还没有见到一个没有任何争议的公认的生命之树，当然，这样的生命之树或许永远都不可能完美无暇。而对追逐生命起源的进化生物学家来说，如果能够完成进化之树的基部类群亲缘关系的准确构建，也就达到目标了。
遗憾的是，由于人们还不知晓生命起源的最初过程，导致人们虽然构建了生命的进化之树，但是在关于树的基部到底谁是共同祖先的问题上，依然留下了未解之谜。虽然在这样的进化树中，关于较为高等的真核生物的亲缘关系可能相对准确（因为还可以用化石证据或形态特征予以校正），但对原核生物（细菌和古菌）来说，只能停留于一些主观性猜测（准确与否根本无法验证），甚至连猜测都很困难！
从鸭嘴兽到蓝鲸，每一种现代哺乳动物都是生活在大约1.8亿年前的“共同祖先”的后裔。人们对“共同祖先”知之甚少，一个国际研究小组通过计算重建了其基因组。该成果将发表在《美国国家科学院院刊》上，对理解哺乳动物的进化和保护工作具有重要意义。