1947年6月1日凌晨3时，国民党反动派调遣军警宪兵特务1000多人，严密包围武汉大学。特务率领军警，闯进学生宿舍按黑名单逐室搜捕。五六十名学生被绳索捆绑，拖上卡车，金克木等5位教授也被抓去。学生们为援教战友，拥向车前，不准他们把人拉走，反动派竟用机关枪、步枪向学生扫射，并扔出手榴弹，成批学生中弹倒地，3位学生当场身亡，多人受伤。惨案发生后，武大师生在万分悲愤中成立“六一惨案处理委员会”，发表宣言，并组织了武汉大学赴京控诉代表团，向全国人民揭露反动派的残暴罪行，全国学生罢课抗议反动派屠杀学生，声援武汉学生的正义斗争。

1947年5月，国民党特务机构接到全国学联将于6月1日举行全国规模的反内战反饥饿反迫害的游行示威，并在国统区内开辟第二条战线的重要情报后。通过中央联合会报秘书处研究，在蒋介石亲自主持的“官邸会报”中，重申了“以组织对组织，以行动对行动，以示威对示威”的阴谋决策，密令各主要城市的高级机关坚决镇压学生罢课游行运动，对有革命或进步关系的学生，实施逮捕。

1947年6月1日清晨，国民党反动派党政军特相互纠合，以武汉警备司令部稽查处长胡孝扬为首的一伙特务，对武汉大学师生犯下了不可饶恕的滔天罪行——震惊全国的武汉大学“六一”惨案。

武大复员后,正是全国解放战争时期。由于国民党政府的“倚美外交”,美军趁机而入，1946年12月，北平发生美军士兵强奸北大女生沈崇事件，引发了全国“反美抗暴”运动。

随校复员的武大“学生运动核心组织”立即组织进步社团，成立“社团联席会”，负责“反美抗暴”活动。1947年1月3日,武汉专科以上学校的代表齐集武大召开联席会议，决定各校4—7日罢课4天,5日举行联合示威游行。同日下午,武大“社团联席会”以学生自治会名义出面,在体育馆召开大会，朱君允、缪朗山、韩德培等教授争相发言,抗议美军暴行。4日晚上,武大全体女生齐集湖边饭厅，召开“反美暴行”大会。男生们分头准备示威游行的旗帜、标语和早餐。5日拂晓，武大车站、体育馆前的墙壁上贴满了《反美抗暴》专刊以及《美国兵滚回去》的诗歌。

5日清晨，武大1300余名学生，以女生为前导，高举标语牌和红绿旗帜，唱着《示威进行曲》，散发刚赶印的《告全国同胞书》,浩浩荡荡从珞珈山开赴武昌。游行队伍在阅马场汇集其他兄弟学校的队伍后，直奔天津路美国领事馆。此时美国领事馆的铁门紧闭,愤怒的学生们用中、英文高呼“反对中美商约”“美军滚出中国去”“反对美国干涉中国内政”等口号。

“沈崇事件”在武大教师中也引起了强烈反响,武大教授会致电国民政务院和教育部，表示强烈愤慨。教授会同意北大教授提出的：（1）补偿被辱人之名誉（2）严惩犯罪之士兵（3）切实保证不再有类似事件发生，以保证人格之尊严等。

“反美抗暴”运动，为开展反饥饿、反迫害、反内战运动从思想、组织上打下了基础。1947年5月，武大学生在“学生运动核心组织”的领导下，由学生自治会出面，经过千余名学生签名同意，决定5月19日起，罢课3天，并通过《为响应和平运动，要求增加教育经费提高公费数额宣言》，提出7点要求。

声援“五二〇”，大闹省政府。正在罢课的武大学生，得知南京发生“五二〇”血案的消息后，群情更加激奋。武大学生自治会立即召集在汉各大学的自治会代表开会，议决（1）5月22日联合举行示威游行，声讨国民党反动派迫害学生、制造“五二〇”血案的暴行（2）成立示威游行总指挥部，由武大担任总指挥，统一领导这次行动。

5月22日清晨，武大1700余名学生高举“反饥饿、反内战、反迫害”的旗帜，前往武昌，准备会合兄弟学校渡江到汉口游行并赴武汉行辕请愿。省政府为防事态扩大，下令封闭所有渡口。愤怒的游行队伍被迫返回到彭刘杨路向省政府请愿，要求立即复航。请愿队伍到达省政府后，主要官员早就逃之夭夭。为避免口实，除保存钱粮册的财政厅外，请愿队伍占领了其余各办公室。请愿学生用墨笔和芭蕉叶，在省政府的门窗、屏风、墙壁上写满了“打倒独裁”“反对内战”“争取和平”“恢复和谈”“打倒好战分子”“好军人不打内战”“中国要民主和平，我们要携手起来反对内战，打倒官僚资本”的标语口号及“官肥民瘦”的漫画。在孙中山遗像下，写道：“国父，你定名为民国，为何不民主？”下午4点，游行队伍返回学校，这次活动虽未达到预定的目标，但表达了武大学生要求和平、反对内战的革命精神。

武大学生声援南京“五二〇”血案后，接着响应华北学联提出的全国学生举行“六二”反内战总罢课运动。与此同时，武汉警备司令部为阻止师生的革命行动，多次召开秘密会议，审定逮捕名单，企图将进步师生一网打尽。

6月1日凌晨3时，国民党武汉行辕和警备司令部，纠集第七十一旅、八十二旅、宪兵十二团、汉口警察总署、武昌警察总署以及武汉警备司令部稽察一处的军警宪特数千人，全副武装包围了珞珈山。一部分兵力在街道口、杨家湾、洪山、农学院、黄家湾等要道路口秘密布防，另一部分兵力直接包围武大男女学生宿舍和教员住宅，并在制高点架设机关枪、迫击炮。武装军警在蒙着面纱的特务学生带领下，逐室搜捕进步师生。梦中惊醒的学生们见男生宿舍门前的马路上，装有形同重囚的被捕学生的汽车正待开走，怒不可遏。天、地、元、黄斋舍的学生带头冲出铁门，有的与军警展开说理斗争，有的拿水泼向他们，有的钻进车底破坏汽车，有的砸破玻璃，跳上囚车抢下被捆绑的同学。

突然，一颗信号弹升起，遍布宿舍上下的军警，一齐用轻重机枪、步枪、手榴弹、迫击炮等武器，向手无寸铁的学生开始血腥屠杀。顿时，珞珈山上硝烟弥漫，老斋舍里弹痕累累，血流成河，惨不忍睹。在地字斋宿舍内，史学系学生黄鸣岗（湖北枝江人）中弹当场死亡；在中门台阶上，土木系学生王志德（江苏江都人）中弹当场死亡；在天字斋茶炉旁，政治系台湾籍学生陈如丰中弹当场死亡。他们三人都是一年级学生，竟死于国际上早就禁用的达姆枪弹之下。此外，重伤3人，轻伤10人，还逮捕了梁园东、缪朗山、金克木、刘颖、朱君允等5位教授及23名学生及职员。这就是震惊中外的珞珈山“六一”惨案。

“六一”惨案发生后，立即轰动全国，各地人民及国统区正义舆论纷纷进行声讨。武大学生和被害学生家属，也正式向国民党政府抗议。武大师生一边掩埋同学的尸体，医治受伤同学的创伤，一边继续展开斗争。正义的怒潮，震撼了整个学术界。全国各院校的吊唁文电和支援慰问的函件，雪片般飞向珞珈山，大大鼓舞了武大学生的斗志，他们化悲痛为力量，把悼念死难同学的追悼会，变成了针对反动派示威游行和向武汉反动派最高军政机关的严正抗议的战场。

从6月3日起，在广大学生游行行列里，排在最前面的是死难烈士的血衣、无数的挽联和反迫害、反特务暴行的标语。人人都沉痛致哀，一言不发。巨幅标语上写着“严惩祸首彭善。”“严惩凶首胡孝扬”“反饥饿。反迫害！反内战！”“惩办凶首讨还血债。”等，游行队伍好几次准备过江到武汉行辕，但都因汉口市警察局封锁渡船而未达目的。

与此同时，特务们发动“职业学生”从事分化破坏学生游行抗议活动，多方面胁迫学生家长向武汉大学要求制止学生游行，唆使“职业学生”在内部进行捣乱，提出“反罢课，反反迫害，要书读”等口号，还企图以反动的示威游行来对抗正义的示威游行。警察局和特务们的行为遭到武汉市民的谴责。最后，警察局被迫开放轮渡。浩荡的游行队伍，终于胜利地过渡到汉口。汉口警察局长任建鹏、宪兵团长吴志勋以及各主要军警特务骨干，既不敢对游行队伍加以阻挠，又惟恐他们在街上另生枝节，遂以保卫为藉口，随同游行行列行进。队伍绕过汉口的大街闹市，到达武汉行辕。学生把所有挽联、挽词、挽诗、挽歌挂满了行辕门首。学生们还几度用挽联盖上武汉行辕的匾牌。僵持了很久时间后，武汉行辕不得不假惺惺向学生许下惩凶善后的诺言。

要求惩治“六一”惨案凶手的怒吼遍及全国，也震动了南京政府。国防部、教育部等都派出大员到武汉调查，南京政府的中央发言人也掩耳盗铃地说：“……武汉最高学府竟发生如此不幸事情，我最高当局闻讯，异常震怒，除电饬武汉行辕彻查事件经过，对肇事责任人员，决定执法以绳，严惩不贷。”这时，彭善慌了脚手，急忙对外发表了引咎自责的声明，对上自请处分，对下则佯装负责到底。国防部根据蒋介石的命令，将彭善撤职查办，而以阮齐继任武汉警备司令，稽查处长胡孝扬予以撤职管押（实际是没有管押），以武昌办事处主任陈寄生继任稽查处长。由于社会舆论和武大师生坚决要求惩办胡孝扬，形成了非枪毙胡孝扬不足以平公愤的局面，迫使特务们又上演了一出“胡孝扬投江自杀”的丑剧。

1947年6月4日，武汉大学“六一”惨案善后委员会召开联席会议，决定在校内建筑一座“六一纪念亭”，将三位同学殉难经过刻写成碑文，并烧制瓷像（或铜质浮雕），以保永久性纪念，11月建成。亭中立有一块石制纪念碑，碑正面的碑记和背面的死难三生传是由时任中文系讲师、35岁的李健章（五老八中之一）认为国民政府官员不懂文言文，用文言文撰写，以不使国民政府当局看出其中的悲愤之情和暗示之语。碑记拿到校务会议上传阅，稍作修改即获通过，其碑记全文见维基文库。中华人民共和国成立后，学校重修纪念亭时，根据李健章先生的要求，将碑记中当时为了避免政治风险而补加的“事既震惊海内外，而枢府旋亦绳始祸者以法”两句删去。后来，不少小学生的少先队入队仪式即在此举行。

在六一惨案原址老斋舍亦置有纪念碑，并在当年死难学生流下的血迹处专门按血迹原状铺成红色，以示铭记。后武汉市政府划定六一惨案遗址保护范围：遗址以图书馆和男生寄宿舍以及宿舍前道路为保护范围；纪念亭以台基四周20米为保护范围。2001年，纪念亭随武汉大学早期建筑成为全国重点文物保护单位。

武大教授沈祖棻在事后怀着愤激之情写下了一首《鹧鸪天》：

惊见戈矛逼讲筵，青山碧血夜如年。何须文字方成狱，始信头颅不值钱。 愁偶语，泣残编。难从故纸觅桃源。无端留命供刀俎，真悔懵腾盼凯旋。 进步师生于1948年5月自发地创办了“六一图书馆”，馆藏各类进步图书近万册，均为师生自动捐助。学生推选历史学家梁园东教授兼任“六一图书馆”馆长。1951年11月，“六一图书馆”的藏书归并到武汉大学图书馆。