公安调查厅是法务省下属的主要反间谍侦察机构。它是1952年7月在法务省特别审查局的原班底上扩建的。表面上是根据《防止破坏法》，以“调查应受到限制的某些群体”的名义成立的，实质上却是一个地地道道的情报间谍机关，并和美国情报机关、台湾的国民党特务机关、韩国的情报机关都有千丝万缕的联系。公安调查厅的主要任务是对内进行侦察、控制，监视进步人士和进步团体；对外负责搜集反间谍、监视外侨，特别是中、朝侨民，如强行整肃日本共产党委员会，解散旅日朝鲜人联盟、勒令《赤旗报》停刊等，都是公安调查厅直接干的。

公安调查厅搜集情报的范围十分广泛，不仅搜集各国共产党的情报，也搜集自民党内部派系斗争的情报。它常常和各地的警察机关以及美国的联邦调查局密切配合进行活动，还对中、朝、俄等国秘密派遣特务。

公安调查厅在日本各地设有分支机构，共有3000余人。本部约有800余人，在长官次官下设三部一所，三部是调查一部、调查二部和总务部。

调查一部：负责调查监视日本共产党和工会等团体并负责对中国、俄罗斯和朝鲜等国的情报工作。该部下设四个科：

第一科：主要负责调查监视日本共产党的活动；

第二科：主要负责调查监视日本共产党的地方组织，并负责对中国、苏联、朝鲜等国的情报活动；

第三科：主要负责调查监视日本工会的活动；

第四科：主要负责调查监视一些学生团体的活动。

调查二部：主要负责调查监视在日本的外国人的犯罪活动合右翼分子。该部下设三个科：

第一科：主要负责调查监视在日朝鲜人联合总会的活动；

第二科：主要负责调查监视在日外国人的犯罪活动；

第三科：主要负责调查监视右翼分子的活动。

总务部：主要负责行政、后勤、人事、财务、资料等。

研修所：主要对情报资料进行处理、研究和整理。

除此而外，公安调查厅在全国各警察管区所在地共设8各地区级公安调查局和38个县级公安调查局，雇佣2000余人从事情报与反情报、间谍与反间谍工作。