如果决定某种性状或疾病的基因位于Y染色体上，其遗传方式称为Y连锁遗传（Y-linked inheritance)，Y连锁基因将随Y染色体进行传递，因为女性没有Y染色体，既不传递有关基因。也不出现相应的遗传性状或遗传病。所以在Y连锁遗传中，有关基因由男性向男性传递，父传子。子传孙。又称为全男性遗传（holandric inheritance)。

睾丸决定因子基因（TDF）已定位于染色体Yp11.2，它决定未分化性腺发育成睾丸。如果该基因发生点突变或缺失，将导致性腺发育不全。患者核型虽为46，XY，但性腺呈条索状，无副性征发育。无精子因子基因（AZF)已定位于染色体Yqll.23，它控制精子发生，该区如有200kb的缺失，则导致无精子或严重精子减少。