克隆清除是指T细胞克隆的TCR对组织特异自身抗原有高亲和力，且浓度高时，经APC提呈，可致此类T细胞克隆清除（deletion）。

若T细胞克隆的TCR对组织特异自身抗原的亲和力低，且浓度很低时，经APC提呈，不足以活化相应的T细胞，这种自身应答T细胞克隆与相应组织抗原并存，在正常情况下，不引起自身免疫病的发生，称为免疫忽视（immunological ignorance）。

克隆清除是淋巴细胞在骨髓（B细胞）或胸腺（T细胞）发育时通过阴性选择而清除掉的针对自身抗原的有害克隆，该克隆凋亡了。而后者的克隆依然存在，失活是因为没有接受到共刺激分子的信号，因而没有反应性，也不能增殖；当抗原提呈细胞的MHC-II分子为空负载时与T细胞作用，T细胞也将无法增殖，从而产生克隆忽略