分析室是一个立方体结构。离子的产生、分析和检测都在分析室里进行。由电子表与样品碰撞产生的离子，在强磁场作用下被迫以很小的轨道半径运动，不产生可检出信号；如果在发射极上加一个快速扫频电压，且当满足共振条件时，离子吸收射频能量，轨道逐渐增大，产生可检出信号。这种信号是一种正弦波式的时间域信号，其频率与离子固有的回旋频率相同。振幅与离子数目成正比。实际测得的信号是在同一时间内所对应的正弦波信号的叠加，这种信号输人计算机进行
快速傅里叶变换，便可检出各频率成分，利用频率和质量的已知关系可得到正常的质谱图。傅里叶变换质谱仪具有分辨率高(可达ioa万以上)。灵敏度高(可达P量级)。扫描速度快和结构简单等特点。