本作的故事为完全原创的剧本，昭和与平成的假面骑士都会出现在故事中。昭和与平成的
假面骑士们正在和谜之怪人军团进行死斗，在和贪婪恐龙进行对战的时候，假面骑士新1号打算使用必杀技骑士飞踢与其决一胜负。可就在这一瞬间，假面骑士新1号的身影却神秘的消失了。
继续假面骑士新1号之后，其他的假面骑士也陆续的消失，只剩下了Ghost和电王两位假面骑士。在怪人军团的包围之下，两人面临着最大的危机。这时多亏了电王的电车デンライナー(den-liner)，才使得两人艰难的逃了出来。得救之后，Ghost发现自己手中有描述着消失假面骑士特征的“假面骑士卡片”，全部的谜团将在卡片的指引下解开
《
假面骑士》：
假面骑士1号（CV：
藤冈弘），
假面骑士2号，本乡猛修卡战斗员装束（DLC，不可与1号同时出场）
《
假面骑士电王》：
假面骑士电王，
假面骑士零诺斯（CV：
中村优一），
假面骑士新电王（援护，CV：
樱田通），桃塔罗斯，浦塔罗斯，金塔罗斯，龙塔罗斯，齐格，天津四，泰迪（异魔神均为原版配音不一一列出，只在附身状态或部分剧情中发声）
《
假面骑士Ghost》：
假面骑士Ghost俺魂（CV：
西铭骏），
游流仙（CV：
悠木碧），
假面骑士Specter（DLC，CV：
山本凉介），假面骑士Ghost斗魂Boost魂（DLC，不可与俺魂同时出场）
本作如前作一样，采用了类似无双的系统；骑士获得经验值升级后会获得一些特殊增益，还可以用获得的骑士魂给骑士升级，但用骑士魂升级的情况下装备中的手办无法获得经验值；部分骑士在低等级和高等级状态下的区分非常明显，且骑士之间的特性也各不相同。
骑士的技能分为普通技，必杀技，超必杀技，特殊能力，援护技，双骑士踢；当进行BOSS战时，普通技无法将其击杀，此时必须选择必杀技，超必杀技，特殊能力或双骑士踢进行最后一击；当SP槽在半数以上时可以发动超必杀技，在对敌方进行一次超必杀技攻击之外，此时骑士会转换为SP形态，大部分处于SP形态下的骑士性能招式能力会有一定变化，如果选择在SP槽全满的状态下施放超必杀技，还可以在SP形态下必杀槽未归零的任意时点再次按超必杀技发动键变为更高一级的终极形态，部分骑士的终极形态还会在SP形态的基础上再次发生变化（但变化并不意味着性能提升，部分骑士的终极形态性能不如SP形态，更甚者还有终极形态以及SP形态性能均不如通常形态，这仅仅代表设定上的更高级形态）
援护技是作为援护位的骑士可以发动的技能，每次指令发动援护技能均会消耗10%的援护槽；当援护槽到达100%时可以发动共斗，并可以在共斗结束前再次按共斗指令施放双重骑士踢。但一旦施放双重骑士踢或共斗结束后援护槽会归零，因为援护槽不易提升，且援护槽在25%，50%和75%时会对主骑提供不同的支援效果，部分手办还会在援护槽100%时提供额外的支援效果，是否/何时发动共斗和双重骑士踢是一个值得考虑的问题。