东汉兴平二年（公元195年）献帝车驾东归，却遭遇
李傕、
郭汜追击，大败于曹阳。献帝乘船渡过黄河向北，当时侯祈等人跟随献帝渡河。
建安元年（公元196年）八月十八日（辛亥日，公历9月28日）讨有罪者，时任议郎（一作羽林郎）的侯祈与侍中
台崇、尚书
冯硕一同被杀害。
《后汉孝皇帝纪卷第二十八》：既至河边，士卒争赴舟，董承、李乐以戈击破之。帝乃御船，同舟渡者皇后、贵人、郭赵二宫人、太尉杨彪、宗正刘艾、执金吾伏完、侍中种辑、罗邵、尚书文祯、郭浦、中丞杨众、侍郎赵泳、尚书郎冯硕、中官仆射伏德、侍郎王稠、羽林郎侯折、卫将军董承、南郡太守左灵，府史数十人。余大官及吏民不得渡甚众，妇女皆为兵所掠夺，冻溺死者不可胜数。
《后汉书 卷七十二 董卓列传第六十二》李贤注引《袁宏纪》：“诛议郎侯祈、尚书冯硕、侍中台崇，讨有罪也。封卫将军董承、辅国将军伏完、侍中丁冲、种辑、尚书仆射钟繇、尚书郭溥、御史中丞董芬、彭城相刘艾、冯翊韩斌、东郡太守杨众、议郎罗邵、伏德、赵蕤为列侯，赏有功也。赠射声校尉沮俊为弘农太守，旌死节也。”