该寺历经沧桑。清乾隆四十三年（1778）重修，光绪二十一年（1895）再修，改称“庵”为“寺”。1952年大受破坏，后全部倒塌荒废。从1987年2月起，在海内外善信慷慨捐款下，重建侣云寺、凤岗岩、竺岗岩、晚翠亭，新筑玉琴亭和修路。至1995年8年间，共投资230多万元。寺于1995年农历润十月廿七日举行重建开光仪式。
今侣云寺占地4亩多，其中
建筑面积约2千平方米，坐北向南，分为前厅、庭院、大雄宝殿（奉三如来）、东侧观音阁，西侧月容殿、客厅、素菜馆（二层楼，位于寺西）。寺前阔埕，东筑迎客厅及小型“天地父母”龛，埕摆古寺和“玄天上帝”石炉。
大殿内供三大如来佛、十八罗汉、黄月容神位（神牌写“皇明奉佛信女、扬州黄氏夫人之神位”由冯县令所书）及挂像，月容夫人殿位于西侧，建筑50多平方米，内奉1米多高、装饰华丽的泥塑坐像，两侧墙有对联，上方墙挂一幅敬录冯县令《钟铭》书法。后厅供玄天上帝。
侣云寺所在的黄岐山，西南离榕城仅5公里，海拔300多米，周围25公里，古木参天，层峦重叠，岩洞众多，胜迹竞秀。南宋时有“九庵十八岩”，今则有四大名地、十大名迹、八大胜景，故“黄岐晚翠”为古揭阳八景之一，历来为游览胜地。