例外原则是指高层领导应保留的处理例外事项的决定权和控制权，是与职能化原则紧密相连的。高层领导把常规性的管理事务的权力分解给各职能部门，以能用更多的时间和精力来决策重要问题，这并不是说就不再处理具体的事务。在组织的管理过程中会出现两种“例外”，一是由于新情况的不断出现，则会产生某些职能部门原权限中未列入的事项; 二是各职能部门之间，职能部门和下层人员之间在工作中难免会出现各种矛盾，而这些矛盾是不能自己解决的，这些例外情况就需要高层领导来直接处理。可以说，例外原则是职能化原则的补充，排除例外原则就不能有效地建立职能化组织。

运用

例如:公司的报账制度中，600以下都由部门经理审批，而600元以上的才需要总经理审批。

WTO货物贸易原则中的例外原则：

第一种是安全例外（第21条）：一切可能对国家安全带来不利影响的贸易活动，都可以不实施自由贸易的有关原则。

第二种是一般例外（第20条）：它包括了一些不一定需要按照自由贸易方式进行的经济活动。

第三种则是针对数种特殊经济现象制定的例外：

农产品。

发展中国家的幼稚工业产品（第18条）。

国际收支平衡条款（第12条和第18条B节）。

保障条款（第19条）。

经济一体化（第24条）