伊犁哈萨克自治州农业农村局是伊犁哈萨克自治州机构改革组建的新部门。
主要职能
划入的职能
1.将自治州农业局(自治州农业产业化发展局、自治州农产品加工局)职责划入自治州农业农村局。
2.自治州党委农村工作领导小组办公室设在自治州农业农村局。 自治州党委政研室(自治州党委农办)内设机构农村工作处相关职责划入自治州农业农村局。
3.将自治州发改委农业投资项目管理职责划入自治州农业农村局,自治州发改委农村经济发展处(自治州以工代赈领导小组办公室)相关职责划入自治州农业农村局。
4.将自治州财政局农业综合开发项目管理职责划入自治州农业农村局,自治州财政局农业处相关职责划入自治州农业农村局.
5.将自治州国土资源局农田整治项目职责划入自治州农业农村局,自治州国土资源局耕地保护处相关职责划入自治州农业农村局.
6.将自治州水利局农田水利建设项目管理职责划入自治州农业农村局,自治州水利局建设与管理处相关职责划入自治州农业农村局.
7.将自治州农牧机械管理局、,自治州设施农业发展领导小组办公室承担的行政职能划入自治州农业农村局.
8.将自治州财政局所属事业单位自治州农业综合开发办公室承担的行政职能划入自治州农业农村局.
9.将自治州原国土资源局所属事业单位自治州征地整理中心(自治州土地储备中心)承担的相关行政职能划入自治州农业农村局.
10.将自治州水利局所属事业单位自治州渔政管理站承担的相关行政职能划入自治州农业农村局.
划出职责
1.将自治州农业局监督指导农业面源污染治理职责整合到自治州生态环境局.农产品质量安全监管处相关职责划转到自治州生态环境局.
2.将自治州农业局自然保护区,风景名胜区、自然遗产、地质公园等管理职责整合到自治州林业和草原局。休闲农业观光处相关职责划转到自治州林业和草原局。
人员编制
自治州农业农村局核定行政编制40名. 其中:部门领导职数4名,内设机构领导职数13名(含机关党委专职副书记1名).核定工勤事业编制5名。
内设机构
职责：州农业农村局内设机构根据工作需要承担自治州党委农办相关工作,接受自治州党委农办的统筹协调。
（一）、自治州党委农办设置内设机构3个
1、农业农村政策研究处
2、乡村振兴指导处
3、城乡发展协调处
（二）、自治州农业农村局设置内设机构10个
1、办公室
2、计划财务处
3、市场与信息化处
4、渔业处
5、科技教育处(自治州农业转基因生物安全管理办公室)
6、种植业与农药管理处
7、农产品质量安全监管处
8、农业机械化管理处
9、人事教育处(离退休干部工作处)
10、机关党委
二级机构
1、自治州农业科学研究所(正县级,差额事业)
职 责：承担农作物新品种的选育、引进及栽培技术的厂家，提高农业科学技术水平和生产水平；协助农业技术推广做好示范和技术的普及等。
2、自治州农业技术推广总站(正县级,全额事业)
职 责：负责种植业常规农业技术推广和新技术的引进、实验、示范与推广工作。负责州直农业技术培训、技术服务和技术推广项目的研究工作；负责农业植物病虫害监测预报和病虫害防治和植物检疫工作；负责土肥水资源、土壤耕地保护、土肥水技术开发与利用工作；承担州直农药残留监测及农业投入品和农产品生产全过程的质量监测、检测及强制性检验；承担《伊犁农业科技》编辑部的日常工作。
3、自治州种子管理总站(自治州农作物种子质量监督检验测试中心)(正县级,参公)
职 责：负责农作物种子质量管理，新品种区域试验和管理工作；负责农作物新品种审定和农作物种子质量监督检验测试工作；承担授权委托的农业（种子、植物新品种）行政执法（处罚）工作；权限内核发主要农作物种子生产、经营许可证；负责农作物种子生产、良种和品种推广统计工作。
4、自治州农村能源环境工作站（副县级，全额事业）
职 责：负责协调指导州直农村水能、沼气、太阳能、风能等可再生能源和清洁能源项目建设，组织指导州直农村可再生能源科学技术开发、新技术引进和推广工作，指导农村可再生能源服务体系建设、开发利用项目的实施。负责农业环境保护的监督管理、农业质量监测和信息统计工作。负责组织州直无公害、绿色、有机农产品产地认定、产品认证申报及标志监督检查工作。组织开展无公害、绿色、有机农产品生产示范基地建设。组织开展农业面源污染的防治工作。承担农业面源污染防治技术的筛选和示范推广工作。
5、新疆农业广播电视学校伊犁州分校（副县级，全额事业）
职 责：负责州直农牧民和乡（镇）、村基层干部的成人中等学历教育、远程教育、职业教育、使用技术培训和科技教育培训等工作。
6、自治州农村合作经济经营管理局（副县级，参公）
职 责：负责本行政区域内的农村土地承包及承包合同管理；负责区域内的农民负担监督管理；负责农村经济统计及农产品成本核算工作；负责对农村集体财务和资产进行管理和审计。
7、自治州农业资源区划办公室（正科级，参公）
职 责：负责组织编制农业和农村经济发展、农业可持续发展中长期规划及农业发展区域规划。负责农业资源调查评价、区划、开发利用、综合管理和协调工作。
8、伊犁黑蜂（蜂业）保护管理办公室（正科级，全额事业）
职 责：负责伊犁黑蜂（蜂业）保护管理办公室全面日常工作，协调自治区做好新疆黑蜂遗传资源保护区管理，做好州直蜂业管理工作，开展伊犁黑蜂科研项目工作，指导州直各县（市）伊犁黑蜂（蜂业）保护业务工作。蜂产品质量安全监控，产品推广、品牌建设等，做好蜜蜂授粉技术推广及示范，做好蜜粉源植物的保护、开发、利用；加强蜂农服务，做好养蜂证发放等，做好伊犁黑蜂（蜂业）标准化饲养，蜜蜂疾病预防等。
9、自治州农牧机械化技术推广总站（副县级，全额事业）
职 责：负责研究拟订自治州农机化技术推广规划、计划并组织实施；承担上级行政部门下达的农机推广及科技开发项目并组织实施；负责农机化新技术推广、试验、示范等工作。
10、自治州农牧机械化安全监理总站（副县级，全额事业）
职 责：负责组织实施农机安全监理行政执法工作。负责自治州农业机械及驾驶、操作人员的安全监督管理。负责农机牌证核发与检（审）验工作。负责农机安全生产宣传教育工作。对县市农机监理工作进行业务指导。
11、自治州渔政管理站（副县级，参公）
职 责：负责贯彻执行国家、自治区和自治州有关渔业法律、法规及政策，依法管理州直渔政工作；维护州直渔业生产秩序和渔业生产者的正当权益；负责对州直渔业船舶进行检验、注册，签发渔业船舶证书。
现任领导
党组书记、副局长：王立中
党组副书记、局长：叶尔多斯·巴孜肯
所获荣誉
2021年12月21日，伊犁哈萨克自治州农业农村局种植业与农药管理处被农业农村部授予“全国粮食生产先进集体”称号。