在索马里的伊斯兰教派武装自称伊斯兰法院联盟，兴起于1991年。当时索马里政府瓦解后，数个奉行伊斯兰教法的法院结成联盟，成为索马里的主要司法体制。

经过多年的发展，索马里法院联盟在国内无政府状态下俨然成为一个自治政府，除了司法体制外，还负责提供医疗、教育和警察保安服务，为备受战乱煎熬的索马里人带来了一丝和平与稳定，因此广受百姓欢迎。但由于其执行伊斯兰的严刑酷法，例如一天没有祈祷5次的人将被处以断头极刑，也引起不少人的反感。经过多年的发展，在穆斯林占人口多数的索马里，伊斯兰法院联盟的势力逐渐增强，支持者与日俱增并形成一支武装力量。

“伊斯兰法庭联盟”是第一支完全控制摩加迪沙的武装组织。2006年2月以来，“伊斯兰法庭联盟”领导的武装与美国支持的军阀势力展开激烈战斗，于6月5日占领首都摩加迪沙。

2006年，伊斯兰法庭联盟曾给索马里带来暂时的和平和稳定。2007年初，在联合国支持下成立过渡联邦政府。