代谢物组学是继基因组学和蛋白质组学之后新近发展起来的一门学科，是系统生物学的重要组成部分。 由英国伦敦帝国理工大学Jeremy Nicholson教授创立，之后得到迅速发展并渗透到多项领域，比如疾病诊断、医药研制开发、营养食品科学、毒理学、环境学，植物学等与人类健康护理密切相关的领域。详见代谢组学。

代谢物组学是对特定细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究，更具体地说，是对小分子代谢物组的整体研究。代谢物组定义为在一个生物体内所有的代谢物的集合，而这些代谢物是此生物体基因表达的终产物。因此，当信使RNA基因的表达数据和蛋白质组学的分析无法描述细胞体内的所有生理活动的时候，对代谢物组的表征是个非常重要的补充，我们可以用来它对细胞的生理活动实现一个瞬时快照。

代谢物通常指在生命体内实现代谢过程的小分子有机化合物。 一级代谢物直接参与细胞的正常生长、发展和繁殖。 二级代谢物不直接参与这些过程，但是通常具备重要的生态功能，比如说抗生素和色素。代谢物组是一个生命体内所有代谢物的总和，其整体构成一张巨大的代谢反应网络：一个酶化学反应的产物往往是另一个反应的反应物。这些反应系统可以用超循环系统来描述。

核磁共振波谱和质谱两大分析技术是用于表征代谢物最主要的手段，它们也通常和色谱联用以提高灵敏度和准确度。

核磁共振波谱技术 (Nuclear magnetic resonance spectroscopy)迄今为止，核磁共振波谱技术在代谢物组学得到了非常广泛的应用，其显著优势是可以一次观测到多种代谢物，并且重现性好、无破坏性、测量时间短。生物样品可用液相核磁（尿液和血液）和固相核磁（组织）来测量。一维氢谱核磁共振用于快速地测量大量生物样品的代谢组谱，二维核磁技术则通常用来进一步地确定对代谢化合物的鉴定。

质谱技术是一种相当成熟的分析化学技术，可以用来测量样品或者分子的元素组成、阐明分子的化学结构，比如说表征多肽以及其他化合物。质谱的基本原理是：首先待测化合物被离子化成带电分子或者分子碎片，然后这些带电子的荷质比被直接测量用以关联原始化合物的元素成分和化合物结构。在当今时代分析实验室里，质谱技术的使用非常普遍，用于研究各种各样化合物的物理、化学以及生物的性能。质谱技术早在上个世纪七八十年代就用于测量生物体的目标代谢物。质谱技术的最大优势在于高灵敏度，测量范围宽广，可以与色谱技术（包括气相色谱和液相色谱）有机联用，近年来成为代谢物组学领域一个主要的研究工具。

与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学的研究侧重于相关特定组分的共性，最终是要涉及研究每一个代谢组分的共性、特性和规律，目前据此目标相距甚远。尽管充满了挑战，研究人员仍然坚信，与基因组学和蛋白质组学相比，代谢组学与生理学的联系更加紧密。疾病导致机体病理生理过程变化，最终引起代谢产物发生相应的改变，通过对某些代谢产物进行分析，并与正常人的代谢产物比较，寻找疾病的生物标记物，将提供一种较好的疾病诊断方法。