亚马逊龙的
尾椎上的高神经棘使得它被分类在
梁龙超科之下,但其化石过于破碎,不能进一步指出它们在梁龙超科的分类位置。但是它有一些脊椎的特征,而被认为是后期的基础梁龙超科恐龙。至少有一个
分支系统学分析显示亚马逊龙是比雷巴齐斯龙科更为衍化,但在梁龙超科内则较叉龙科及梁龙科原始。基础梁龙科恐龙已在南美洲的几个地方及
北非都有被发现,就如
泰坦巨龙类、
鲨齿龙科及
棘龙科一样是生活在
白垩纪。在上白垩纪前,当泰坦巨龙科激增时,梁龙科均已
灭绝。而在下白垩纪的
肉食性兽脚亚目恐龙在南部各大陆都已被
阿贝力龙科所取代。
尽管
巴西已发现许多
恐龙化石,亚马逊龙是首种在亚马逊盆地发现的恐龙。其
属名是由巴西亚马逊地区而来。当中只有一个
种,
学名是马拉尼昂亚马逊龙(A. maranhensis),是以巴西的马腊尼昂州而来。属名及种名都是由巴西
古生物学家Ismar de Souza Carvalho及Leonardo dos Santos Avilla,与他们的
阿根廷同僚利安纳度·萨尔加多(Leonardo Salgado)于
2003年所叙述、命名的。亚马逊龙的化石,包括一些背椎及
尾椎、
肋骨及
骨盆的碎片,是在马腊尼昂的伊塔佩库鲁地层所发现的
恐龙化石。这个地层可以追溯至下白垩纪的
阿普第阶至
阿尔布阶,距今约1亿2500万到1亿年前。亚马逊龙是在
三角洲的
泛滥平原沉积层中被发现。