东仪天主教会之一。约公元300年，亚美尼亚国王提甲戴特三世（TiridatesⅢ，约238—314）由格列高利（照耀者）劝化改宗基督教，整个亚美尼亚皈依基督教，提里戴特三世成为第一位基督徒国王，从属于凯撒利亚都主教区。大内塞斯（Nerses the Great，352—373）建立大量的慈善机构。国王阿莎克（Arshak，350—367）及其太子和继承人帕普（Pap，368一374）主张教会独立，选举自己的神职人员，未果。数年后该撒利亚都主教区不复存在，大圣伊萨克（St.Issac the Great，352—439）承认君士坦丁堡主教教座为都主教。

5世纪，大圣伊萨克和圣梅斯罗伯（St.Mesrob）形成亚美尼亚的古典文学、礼仪、仪式，开创亚美尼亚基督教黄金时代。前者成为亚美尼亚教会领袖，后者创造亚美尼亚字母。在此期间，《圣经》、杰出教会领袖的作品翻译为古典亚美尼亚文，建立新的主教教座，发动系列改革，以学术和宗教研究闻名。大圣伊萨克未参加以弗所公会议（431年），但认可是次会议。451年举行卡尔西顿公会议，由于亚美尼亚爆发政治-宗教战争，亚美尼亚主教未参加。与拜占庭帝国接壤的亚美尼亚行省中大多数神职人员赞成卡尔西顿公会议，而受波斯或阿拉伯人统治的亚美尼亚行省中的神职人员反对卡尔西顿公会议。直至11世纪后半叶，两派均对礼仪、教义、教会作品、政治、教阶制度等产生影响。塞尔柱人（Sjuk）占领亚美尼亚和小亚细亚东部行省，亚美尼亚难民先在西西里建立公国（1080年），后建立王国（1199—1375）。此后与罗马天主教会接触。

12世纪，十字军东征借道西西里进入圣地，使亚美尼亚教会与罗马教廷建立密切关系。1198年，十字军与亚美尼亚国王建立联盟，建立两家教会的合一。但是，这种合一未得到西西里之外的亚美尼亚基督徒的赞成。1307年，小亚美尼亚在西斯（Sis）公会议上与罗马教廷合一，并由佛罗伦萨公会议（1438—1439）确认，但遭大亚美尼亚人的反对，实际效果不显著。1065—1441年，西西里的亚美尼亚教会支持卡尔西顿公会议，与罗马教廷共融，其中代表人物有圣内塞斯·什罗哈里（SNerses Shnorhali，1166—1173）；同时，由塞尔柱人占领的东亚美尼亚基督徒反对西西里亚美尼亚教会的立场。1375年，埃及的玛玛卢克人摧毁近东的拉丁教会的力量，占领亚美尼亚人居住的西西里，反卡尔西顿公会议的亚美尼亚基督徒将牧首教座移至东亚美尼亚。1441年，大主教格里高·穆萨贝安兹（Catholicos Grigor Mussabeghiantz）反对，亚美尼亚主教和修道院长选举基拉克斯·乌伊拉贝兹（Kirakos Virabezi，I441—1443）为对立牧首，形成西西里牧首教座和埃奇米阿津教座，直至18世纪初。1453年君士坦丁堡陷落，土耳其人出于国内政治的需要，授予君士坦丁堡主教享有希腊牧首曾经拥有的权利和特权。此后君士坦丁堡主教的地位超过前两者。

17世纪后半叶在亚美尼亚基督徒中掀起激烈的礼仪-教义之争，形成支持卡尔西顿派和反卡尔西顿派，导致罗马天主教传教士过度热心，同时导致部分亚美尼亚基督徒产生宗派主义，仇视拉丁传统，在君士坦丁堡，反卡尔西顿派占据优势，支持卡尔西顿派受到迫害，对亚美尼亚天主教徒的迫害延伸至整个小亚细亚。1701年建立麦基塔尔会。1737年，西西里大主教去世，是年11月，支持卡尔西顿的主教阿勒颇的雅各布（Jacob of Aleppo）马尔丁的梅尔基奥·马尔卡尔（Melchior Markar of Mardin）、撒哈克夫·柴雷斯（Sahakof Cheles）等选举主教亚伯拉罕·阿兹微安（Abraham Ardzivian）为西西里大主教，旋即致函罗马教宗本笃十四世寻求承认新当选的大主教。1742年8月13日，亚伯拉罕·阿兹微安至罗马，罗马教廷批准选举有效，授予他圣衣。回到东部后，亚伯拉罕·阿兹微安将教座移至黎巴嫩，避免君士坦丁堡牧首的搅扰。1749年亚伯拉罕·阿兹微安去世前宣布在黎巴嫩山建立新的牧首修道院，继任牧首哈国普·彼得二世（Hagop PeterⅡ）完成。1830年，罗马教宗建立亚美尼亚君士坦丁堡大主教教座（Armenian Primatial See of Constantinople），后与西西里牧首联合，选安东·彼得九世哈孙（Anthon Peter IX Hassun，l867—1880）为新牧首，将牧首教座移至君士坦丁堡，直至1928年，又移至黎巴嫩的宝佐玛（Bzommar）。1866年出于政治原因牧首教座迁回君士坦丁堡，牧首修道院继续保留在黎巴嫩。1928年，亚美尼亚发生种族灭绝事件，牧首教座迁至黎巴嫩的牧首修道院。现牧首教座设于黎巴嫩的宝佐玛，管辖全世界亚美尼亚天主教会事务。