云南总督，官名，顺治十八年（1661年）， 云南、贵州两省合置云贵总督。

康熙元年（1662年） 分置云、贵总督，云南总督驻曲靖，贵州总督驻安顺。康熙三年罢置云南总督及贵州总督，复置云贵总督，驻贵阳府。康熙十二年，再分置云南总督及贵州总督，次年再罢，仍置云贵总督。乾隆元年（1736），又分置云南总督及贵州总督。至乾隆十二年，仍置云贵总督，并成定制，云南总督及贵州总督之名称遂废。参见“云贵总督”。