云南土司是元、明、清时期在云南少数民族地区设立的土司。公元1381年（明洪武十四年），明朝大军到云南，蒙古梁王阿鲁温逃亡被追杀，明政府置云南府。民族地区为土司。

云南的土司制度始于元朝，完备于明代。还在元王朝攻下云南之时，为了有效控制云南各地，就已在各少数民族地区设万户府、千户府和百户所，任命当地民族上层人物为万户，千户和百户以管理当地。云南行省建立后，在少数民族地区设立宣慰司、宣抚司、安抚司等机构，授各族首领宣慰使、宣抚使、安抚使、招讨使、长官等官职，对当地民族进行管理。明朝征服云南后，继承了元代在云南的这种制度，承认元朝授予各族首领的官职，并加以发展，增设土知府、土知州、土知土守备、土巡检等官，并作了土官的承装饰品、考核、贡赋、征调等一系列规定从而形成了一套完备的土司制度。

明清时期，云南有土司587家。其中正二品的土都指挥使1；正三品至从三品的土都指挥金事，土宜慰使14，土都司1；正四品至从四品的土知府22，土宣抚使7；正五品至从五品的土知州29，土宣抚司同知2，土府同知5，土守备9、土千户14，土副千户11，土宣抚副使3，土安抚使8：正六品至从六品的土长官32，土百户6，土百夫长37，土州同7，土千总40；正七品至从七品的土知县5、土把总72，土副长官17，土州判6；正八品至从八品的土县丞9，土府经历3，土宜抚司经历1；正九品至从九品的土县主薄5，土宣抚知事1，土府知事3，土府照磨3，土巡检95，土外委3。另外有职、名不详的土官94家：土驿丞25，土典更1，土盐课司副使1，盐井司副使2，土总管1，土寨长17，土舍19，土目9，土营长3，土通事1，土把事7，土通把2，王巡捕4，土巡辑1，土火头1，名称不详的土官20。

土司制度是封建王朝在云南实行的一项重要制度。元明清时期，云南的少数民族地区经济社会发展不平衡，既有处于封建领主制或地主经济制的民族，也有处于“以猎为务”、“刀耕火种”原始社会末期的民族。元、明、清王朝根据历代王朝的经验，对社会发展极不一致的云南少数民族地区，采取特殊治理手段，实行土司制度，其最终目的是通过从政治品经济、文化各个方面逐步施加影响，实现在政治、经济、文化方面都与内地汉族地区趋于一致的封建化统一，在云南少数民族地区建立稳固的统治。为了达到这一目的，封建王朝在难以投入大量人力、物力以强化统治的情况下，保留各民族内部的政治经济结构暂时不变，利用少数民族首领对民族地区进行更为有效的治理；同时，又通过建立一些相应的制度和措施，不断从政治、经济上削弱作为土司的奴隶主和农奴主的权力，使之逐渐纳入封建的中央集权的轨道。当目的达到，这种制度就会被抛弃。

早在明朝初年，中央王朝就确定了对云南采取“三江（金沙江、澜沧江、怒江）之外宜土不宜流，三江之内宜流不宜土”的方针。在部分地区置府、州、县时，就土流兼治，府卫参设。把云南的曲靖、大理等6府设流官；在楚雄、姚安、广南3府以流官任知府，土官为辅；在寻甸、元江、永宁、乌蒙等13府以土官为主，流官为辅。明末清初，随着少数民族地区社会经济的发展，以及社会形态、结构的变化，土司制度暴露出它的消极腐朽，一方面，各自为政的土司制度已不适应国家政治上的需要；另一方面，维护奴隶制和封建领主经济的土司制度，已成为边境地区发展经济的阻碍。因而，到清朝雍正六年（1728），鄂尔泰任云贵总督，推行“改土归流”后，云南境内的土司仅剩宣慰司1，宣抚司5，副宣抚司2，安抚司3，副长官司3，土知府4，土知州4。民国时期，把大部分土司地方改为殖边行政区，土司已尚存不多。1956年新中国正式宣布在云南废除土司制度。