1253年，忽必列率领蒙古大军平定大理，伊斯兰教开始传入云南。后来，忽必列派赛典赤·嶦思丁任云南平章政事（1274——1279），嶦思丁在昆明创建了12所清真寺。

大批穆斯林进入云南，始于南宋末元代初。

1219年成吉思罕开始西征行动，到1258年，旭烈兀攻陷巴格达。于是葱岭以西，黑海以东几十个伊斯兰国家先后为蒙古统治者征服。大批中亚细亚人、波斯人、阿拉伯人被召集入伍，改编为蒙回混合军，其工匠、炮手分与各营，并将不少妇孺收为奴隶，一并从军。所以蒙古军中就有不少回族，成为蒙古统治者征服宋王朝战争中著名的“探马赤军”的重要组成部分。1253年，元宪宗蒙哥命其弟忽必烈为统帅，以兀良合台总督军事，率领十万大军“攻西南夷”，“九月壬寅，师次忒刺，分三道以进”。“十二月丙辰，军薄大理城”，破大理城后，“留大将兀良合台戌守”。此为大批回族留居云南之开始。

至元中，元朝设立云南行中书省。“迨至至元甲戌（十一年），以平章政事赛典赤行省云南”。 赛典赤是布哈拉人，深得忽必烈的信任。他一家以其宗教世家的身份和政治地位，为伊斯兰教在云南的传播创造了很好的条件。

元代探马赤军有两大任务，即“上马则备战斗，下马则屯聚牧养”。在统一中原后，元世祖于至元十年（1273年）下令：“探马赤军，随地和社，与编民等。”从这以后，包括云南在内的大批回族军士，工匠及妇孺就在“社”的编制下进行屯垦，逐渐取得普通农民的身份，即入了民籍，为元代伊斯兰教在云南的发展创造了经济基础。

明代，又有大批回族军士、回族移民和回族商人进入云南。明太祖起兵的安徽凤阳，是元代穆斯林聚居地区，故明朝开国功臣中多有回族将领如胡大海、常遇春、沐英等。洪武十四年（公元1381年），“上御奉天门，命颖川侯傅友德为征南将军，永昌侯蓝玉为左副将军，西平侯沐英为右副将军，统率将士往征云南。”平定云南后，“沐英留镇云南”，任命他为“总兵官”，封“黔国公”，总理云南军民政务，并赐子孙世袭。这样，沐姓遂衍化为云南回族望族。沐英在云南“修治道途”，在昆明、大理、曲靖、永宁、金齿等地“每六十里设一堡”，因此，不少回族军士就被分散到各地，后来就在当地安家落户。如建水回族望族马姓，“其先系出金陵，始祖特墨公，明初领兵入滇，官临宴卫指挥千户，逐家焉。”又如腾冲回族大姓明家“世系到腾之始祖都指挥讳明恭，原籍南京应天府七溪县人氏……于洪武三年奉调南征，攻平缅甸后，驻守边疆。”另据史书记载，明朝在元屯田基础上，进行了更大规模的军屯、民屯和商屯，于是“使云南的回族也有发新的发展，云南成为回族的一个主要的聚居区。”

元明时期云南伊斯兰教的宗教活动，由于缺少记载，无法详述，只有从清真寺的情况中窥见一点。《保山县志》卷十四载：“元典章卷二十四载口贞元年闰四月，圣旨曰：云南田地里，和尚、也里可温耶稣教徒、先生、道士、答失蛮，拟自元贞元年正月以前应有未纳税土地，尽行免除税石，云云。元代俦宗教，田地得免税粮，故有此谕。可知当时云南回教已有清真寺。盖得免税粮者为寺产，而非回教人之私产也。”

相传，赛典赤兴修水利，曾沿着昆明各水系（如松花坝、金汁河、盘龙江、海口等）或驿站建盖清真寺，如松花坝马家岭（现为省重点文物保护单位赛典赤墓）有以前清真寺的遗迹；现龙头街桃园村据说曾是元代回族士兵驿站，也建盖过清真寺；珠玑街也建过清真寺，叫陕西大寺；西站的叫三分寺；海口也建过清真寺；据传赛典赤在世时昆明一共建盖了12所清真寺。现因文献缺乏，我们虽不能完全断定关于这12所清真寺的真实程度如何，但至少有两所是真实的，因元李元阳《云南通志》载：“肖真寺有二：一在崇正门内，一在崇正门外，俗称礼拜寺，俱元平章赛典赤建。”另据传说，元代大理也建过3所清真寺：云龙清真寺、四排坊清真寺、西门清真寺。

至明代，在云南三迤回族聚族而居的一乡一村、城镇街道，都普遍建起清真寺，“凡所居，皆建寺聚族礼拜。”这在已见到碑刻及地方志中均有反映。《保山县志》载：“万历通志日：‘清真寺在府南，回族礼拜之所’。”嵩明县积德村清真寺《重修碑记》载：“朔阁村等自大明洪武前入嵩以来……公建清真一寺。”沙甸川房寨《清真寺功德碑记》载：“吾邑之有清真寺，建自嘉庆廿年。”沙甸清真大寺据父老告，碑载为“明万历十三年时所建”。

随着云南省社会主义现代化建设的进展，云南伊斯兰教也在不断地进行自我调节、自我完善，以与现代化相适应。

云南穆斯林享有宗教信仰的自由，他们先后建立起全省性或地区性的宗教组织。

云南伊斯兰教协会是全省性的伊斯兰教宗教团体。在中共云南省委、省人民政府的关怀下，1981年9月组成云南省伊斯兰教协会筹备组，开始云南省伊斯兰教协会筹建工作。1984年8月，云南省伊斯兰教第一次代表会议在昆明召开，来自全省各地的伊斯兰教界人士代表和特邀代表176人出席了会议。会议通过了《云南省伊斯兰教协会章程》，选举产生了云南省伊斯兰教协会第一届理事会。此后，省伊斯兰教协会分别于1991年11月、1997年7月举行了第二和第三次次全省代表会议。

1980年以来，一些州、市、县相继恢复或筹建伊斯兰教协会。迄今已有穆斯林聚居相对集中的6个州、市恢复或成立了伊斯兰教协会（见下表）。

也成立县（市、区）伊斯兰教协会的有隆阳区、大理市、凤庆县、漾濞县、永平县、洱源县、巍山彝族回族自治县、昌宁县、腾冲县、施甸县、寻甸回族彝族自治县、嵩明县、会泽县、云县、鲁甸县等。

各级伊斯兰教协会的宗旨，主要是协助各级党委和人民政府全面正确地贯彻宗教信仰自由的政策，积极引导伊斯兰教与社会主义社会相适应，维护伊斯兰教界人士和穆斯林群众的合法权益，办好教务，发扬优良传统，团结穆斯林群众，拥护中国共产党的领导，热爱祖国，自觉维护各族人民的安定团结，积极参加社会主义两个文明建设，为振兴中华，促进祖国统一大业，维护世界和平贡献力量。

伊斯兰教协会，无论是全省性的，或是地区性的，作为穆斯林的群众组织，自建立以来都从事了大量活动，作了大量工作，概括起来主要有以下几项：

其一，密切联系穆斯林群众。引导穆斯林积极参加我省的社会主义现代化建设、两个文明（物质文明和精神文明）建设；协助党和政府贯彻、落实宗教信仰自由政策，向各级政府积极反映穆斯林群众对政府工作的意见和要求，起到了穆斯林与政府之间的桥梁作用。同时，云南的伊斯兰教协会在团结和沟通不同教派的穆斯林群众，以及穆斯林与非穆斯林群众，加强各民族团结等方面，也起到了积极的作用。

十多年来，伊斯兰教协会在邓小平理论、“三个代表”重要思想指引下，并根据穆斯林的特点和实际，采取灵活多样的形势宣传党的路线、方针、政策，及时反映穆斯林群众的意见。如利用各地伊协代表会议、节日庆典等机会，向伊斯兰教界人士和广大穆斯林群众宣传党的民族、宗教政策和改革开放的富民政策；宣传穆斯林地区经济发展、民族团结的大好形势；宣传《中华人民共和国义务教育法》和《中华人民共和国宪法》等法律法规，说明遵守国家法律与按教规教义行事的一致性，如果违反国法，也就违反了教规教义，一个虔诚的穆斯林应该是一个守法的公民；引导伊斯兰教界人士和广大穆斯林群众爱国爱教，履行穆斯林的光荣责任，为社会主义两个文明建设做出自己的贡献。

积极协助党和政府处理好各种伤害穆斯林感情的问题，维护穆斯林的合法权益，促进民族团结和社会稳定。20世纪90年代初，有报纸、杂志刊登了伤害穆斯林感情的文章、漫画。这种行为不仅严重歪曲了伊斯兰教的信仰和穆斯林的生活习惯，而且还严重违反了民族、宗教政策和《中华人民共和国宪法》、《中华人民共和国刑法》等法律。激起云南穆斯林群众的极大愤慨。省伊斯兰教协会及时召开会议，本着既要维护穆斯林的合法权益，又要维护社会稳定的大局着眼的原则出发，代表全省穆斯林向有关方面作认真的反映，同时积极做好穆斯林群众的工作防止别有用心的人在群众中煽动，使类似事件得到妥善解决，穆斯林非常满意。

其二、组织宗教文化活动。穆斯林日常的宗教生活，通常由穆斯林个人或由清真寺的教长、阿訇组织进行，某些全省性的或地区性的活动则分别由伊斯兰教协会负责组织。如每年一度赴麦加朝觐，由省伊斯兰教协会组织朝觐团安排朝觐活动；又如地区性的诵经比赛或诵经交流会则由各地伊斯兰教协会负责进行。

自1986年开办自费朝觐以来，我省已有2000余穆斯林顺利地完成了朝觐功课。这充分反映了党的宗教信仰自由政策的贯彻执行，也反映了云南穆斯林经济的发展和生活水平的提高。不少穆斯林满怀激情地说：党的宗教政策和富民政策就是好。十多年来，省伊斯兰教协会努力做好朝觐的组织服务工作，积累了不少好的经验，主要有3个方面：一是选配年富力强、具有全心全意为穆斯林服务，懂得朝觐礼仪及有关知识的人担任领队和工作人员；二是切实做好朝觐人员的培训工作，而且做到培训时间充裕，培训内容具体，切忌走过场，敷衍了事；三是严格把好审查关。

伊斯兰教协会还根据伊斯兰教的特点，组织教长、阿訇、哈吉进行爱国主义教育，通过诵经、讲“卧尔兹”等活动，积极倡导教义、教规和伦理道德中的积极因素，弘扬伊斯兰教优秀文化，更好地为社会主义精神文明建设服务。如1994年7月和1995年11月，省伊斯兰教协会首次举行了省内的比赛活动，提高云南穆斯林诵读《古兰经》和演讲““卧尔兹”的水平。在《古兰经》诵读比赛中，还有选手被中国伊斯兰教协会选中，于1995年3月代表中国穆斯林首次参加在沙特阿拉伯举行的国际《古兰经》诵读比赛。1997年，又举行了全省性的“卧尔兹”演讲比赛，还选拔出优秀选手出席1998年全国“卧尔兹”演讲比赛。

其三，组织伊斯兰教的学术研究。云南伊斯兰教协会在经籍的出版和交流方面更是作了大量工作。如省伊斯兰教协会主持影印发行木刻版《古兰经》。自1984年以来，先后5次影印了5500多部，都已全数被请购完，较好地满足了广大穆斯林群众的需要。各地伊斯兰教协会的一项重要活动是组织穆斯林学者、阿訇、乡老和热心伊斯兰教事业的穆斯林搜集、整理伊斯兰教文物资料（古寺、古墓石刻碑文、匾额书法、文史资料等），开展学术研究，撰写各地伊斯兰教的史、志，以求提高学术水平。如红河州、大理州等地伊斯兰教协会已开展这一活动多年，红河州伊斯兰教协会编印《红河州回族史料选辑》、《红河州伊斯兰教史料》，大理州伊斯兰教协会编印《大理白族自治州回族史资料集》等内部刊物。此外，各地伊斯兰教协会还编印各种通讯、学习或参考资料。

其四、制定管理规章，使伊斯兰教管理工作得到进一步改善。自1991年省伊斯兰教第二次代表大会以来，省伊斯兰教协会选择了经堂教育、清真寺管理、阿訇资格考核等3个方面组成调查组，深入各地进行调研，并召开各种专题座谈会进行调查研究。在深入广泛地听取各方面的意见和认真分析讨论的基础上，先后出台了《云南伊斯兰教经堂教育管理试行办法》、《云南省清真寺民主管理办法》和《云南省伊斯兰教阿訇资格考核办法》等3个管理办法。省和各地伊斯兰教协会对实施这3个办法做了大量的工作，是我省伊斯兰教协会开展宗教与社会主义社会相适应的成功经验。突出的事例是在全省开展创建模范清真寺的活动。1996年12月，中国伊斯兰教协会在全国发起这项活动。这项活动在云南受到伊斯兰教界的好评并得到广泛开展。按照中国伊斯兰教协会制订的“五好”清真寺标准，全省共评出41所省级模范清真寺。1997年12月，省伊斯兰教协会在昆明召开了全省模范清真寺经验交流会，表彰了省级模范清真寺，其中有15所清真寺的代表交流了创建模范清真寺的经验。

其五、领导并组织经学院，培养阿訇和各类教务工作人员。

其六、开展外事活动，加强与各国穆斯林的友好交往。伊斯兰教协会不时派遗友好代表团出国访问、派遗留学生出国学经或学习宗教知识、派遗穆斯林学者和阿訇参加国际性的学术会议等。在出访和接待工作中，伊斯兰教协会广泛介绍了中国政府的宗教信仰自由政策，介绍了云南穆斯林的宗教生活，以及改革开放以来经济发展的情况。通过座谈交流，伊斯兰教协会与来访客人相互间促进了理解，增进了友谊，为云南穆斯林与国外穆斯林的进一步交流，奠定了良好的基础。

积极开展伊斯兰教教育，培养有学识的阿訇和各类教务人员，是伊斯兰教协会的一项重要任务。在1984年云南省伊斯兰教第一次代表会议所作《云南省伊斯兰教协会筹备工作和今后工作的报告》中说：“要开展正常的宗教活动，就必须要有经过正规培训的阿訇和教长来主持。就我省范围而言，知名的老阿訇已不多了，而且大多年事已高；有些清真寺缺乏合格称职的阿訇；有的地方要聘请阿訇也很困难。因此筹办云南经学院，符合广大穆斯林的心愿，是一项紧迫的任务。”经云南省人民政府批准，由云南省伊斯兰教协会负责筹建和举办昆明伊斯兰教经学院。1985年成立了经学院筹备委员会，下设总务、教学、基建3个小组，分别负责相关事宜。

昆明伊斯兰教经学院是同时期创办的沈阳、兰州、郑州、宁夏、北京、青海、新疆等地方性经学院之一，面向云南、贵州和四川3省招生。1986年7月，经学院在贵阳、成都、昆明和下关（今大理市）4个考场进行了考试，择优录取新生。1987年11月5日，昆明伊斯兰教经学院成立暨开学典礼在昆明顺城街清真寺举行。省人大、政府、政协领导及省市有关部门负责同志前往祝贺。数千名穆斯林也参加了开学典礼。昆明伊斯兰教经学院设专科班，首期招收学员45名，学制3年。他们将系统地学习伊斯兰教经籍以及时事政策。毕业后授予阿訇资格证书，回本地主持伊斯兰教务工作。

1988年10月，昆明伊斯兰教经学院董事会在昆明成立，首届董事会由云南、贵州、四川3省伊斯兰教协会协商产生的八名董事组成。并召开了首届董事会，通过《昆明伊斯兰教经学院董事会章程》，选举王连芳为董事会董事长，纳广用为经学院院长，礼请纳忠为经学院名誉院长，林仲明为顾问。会议认为，昆明伊斯兰教经学院的创建，是中国西南地区伊斯兰教史上具有划时代意义的一件大事。其宗旨是为云、贵、川3省穆斯林培养一大批政治上热爱祖国，拥护中国共产党的领导和社会主义制度，具有相当宗教学识和一定现代文化科学知识、德智体全面发展，适应广大穆斯林需求的新一代阿訇。会议还认为，办好经学院，对提高广大穆斯林的文化素养，激发他们爱国、爱民族、爱伊斯兰教的热情，为民族经济的振兴将会起重要作用。

1992年6月，昆明伊斯兰教经学院董事会一届二次会议在贵州省安顺市举行。会议审议并通过了纳广用院长所作《关于昆明伊斯兰教经学院五年来主要工作情况的报告》；审议并批准了经学院1992年秋季开办3年制伊斯兰教专业和3年制阿拉伯语言专业的《招生简章》及教学计划。

昆明伊斯兰教经学院除了从事系统教学外，还举办各种形式的读经班、训练班、进修班，以培养和提高一些在职阿訇的宗教文化知识水平。1990年10月至12月举办首期“云南省伊斯兰教高级研究班”。省委副书记尹俊、副省长赵廷光，以及省委统战部、民族工作部、省政府宗教事务处等部分负责人应邀出席了开学典礼并讲话，对研究班的举办给予充分肯定，鼓励学员理论联系实际，努力完成学业。首期研究班学员58名，其中：清真寺在职阿訇46名，乡老、管事12名。此项工作持续3年，前后举办了5期，培训人数266人（其中女阿訇5人）。研究班以座谈讨论、中心发言等形式，就云南伊斯兰教面临的现实问题进行专题研究和讨论，籍以引导全省穆斯林群众发扬伊斯兰教优良传统，积极为云南省的改革开放和社会稳定，民族团结进步以及经济发展服务，进一步促进云南省伊斯兰教与社会主义社会相适应。如第五期云南伊斯兰教高级研究班。这一期研究班邀请了各地老中青知名阿訇，就我省穆斯林地区带有普遍性的几个问题进行了专题研究。与会人员根据国家的法律、法令和政策，结合《古兰经》和“圣训”，敞开思想，畅所欲言，各抒己见，认真地进行研讨，原则上形成了共识。大家认为，党和国家的政策、法律、法规与伊斯兰教的一些教义、教规的精神是一致的。比如有的地方出现贩毒、吸毒等丑恶现象，这不仅是国家法律、法规所禁止，也为伊斯兰教律所不容。对于基层工作中难度较大的计划生育问题，也一致认为节制生育，采取避孕措施，进行早期人工流产，在教法上是允许的，而且很多伊斯兰教国家也在采取节育措施。对于经堂教育，普遍认为这既是维系伊斯兰教传统的教育，也是回回民族文化的重要教育形式，所以历经百年而不衰。但是，随着时代的发展，应当进行改革和提高，即学习传统的伊斯兰经典外，还应拓宽知识面和增加学习内容，以提高学生适应社会的能力。

与此同时，各地伊斯兰教协会还根据云南伊斯兰教经堂教育的传统做法，在一些有条件的清真寺内，让有学识的阿訇接受年轻学员（海里凡），讲经授课，为清真寺培养接班人，有不少清真寺已从个别招收学员发展到举办读经班或经学班。目前，各地的经学教育，除了学习必要的政治和文化知识外，主要学习《古兰经》、“圣训”、伊斯兰教法等课程。学习年限3至5年不等，有的需要更长的时间。总的说来，云南伊斯兰教的宗教教育还有待于提高。

为了与社会主义社会相适应，与我省的改革开放和现代化建设相适应，同时也为了伊斯兰教的自我完善、自我发展，近几年来，云南伊斯兰教实际上为进行自身的变革或调整，进行了积极探索和有益实践。

其一，进一步建立、健全各级伊斯兰教协会和清真寺管委会组织，充分发挥其党和政府密切联系群众的桥梁和纽带作用，在协助党和政府正确处理同伊斯兰教界人士和穆斯林群众的关系，巩固和扩大党在穆斯林群众中的血肉联系和群众基础，以及巩固和发展党同伊斯兰教界的爱国统一战线，进一步增强党在回族穆斯林群众中的凝聚力和吸引力，进一步激励全省回族穆斯林积极投身新世纪云南省的“物质文明、政治文明和精神文明”三大文明建设，以及办好伊斯兰教事业，精心代表并维护伊斯兰教界的合法权益，精心为穆斯林群众服务，精心办好教务，精心维护伊斯兰教教务活动的正常有序，精心维护伊斯兰教界和社会的稳定，促进伊斯兰教与社会主义社会相适应等方面作出应有的积极贡献。

为弘扬伊斯兰教爱国爱教的优良传统和文化，各级伊斯兰教协会、许多清真寺管委会，以及许多穆斯林学者已注重收集、整理伊斯兰典籍、资料，注重云南回族及伊斯兰教的学术研究。

其二，进一步建立健全清真寺的民主管理制度，建立和健全了清真寺的民主管理委员会，对教务、寺产等实行民主管理，发展清真寺的“自养”经济，开办依附于清真寺的商业和服务性行业（如店、馆、堂、所），既做到“以寺养寺”，又适当减轻穆斯林群众的经济负担，使清真寺有一定经济收入维持寺院、招收学员、培养接班人，以及扩大就业，举办社会福利事业。通过开展创建模范清真寺活动，使清真寺内的教务活动、管理以及各项工作制度化、规范化，把清真寺办成政府、伊斯兰教界人士和穆斯林群众“三满意”的单位。

其三，从广大伊斯兰教界人士和回族穆斯林群众迫切要求民族和宗教发展进步这一根本利益要求着眼，顺应国家和社会变革和发展进步的时代潮流，在提高全民族整体素质、使民族和宗教与时俱进等重大问题上进行必要的探索和实践。如教育问题，这是关系全民族的未来面貌和前途命运的根本性问题，一方面在如何进一步协助政府贯彻实施国家义务教育法，如何进一步提高广大穆斯林群众的思想认识和觉悟，积极鼓励回族穆斯林青少年接受国家的国民教育，为国家、为民族多出人才方面作出积极努力；另一方面，本着与时俱进、开拓创新的时代精神，不断改良传统的经堂教育，中阿并授，并总结好的经验，注意引入国民教育教材、现代科学文化知识、实用生产生活技能培训，以及时事、政策、法律，不断培养了许多“两用人才”。

随着我国改革开放的不断深入和发展，我省穆斯林青年赴伊斯兰国家留学的日益增多，部分已学成归国从事各业，报效祖国、报效民族、贡献社会。其中一些在各级伊协组织和清真寺中服务，对他们进一步的培养、教育和使用，是今后伊斯兰教工作中的一项重要内容。

其四、在伊斯兰教教派问题上，既坚持伊斯兰教信仰上的统一，又承认各教派在礼仪、习俗等细微未节上的差别，提倡求同存异、各行其是，互相尊重、互不干涉。各教派应当进行适应时代及社会发展，以及适应民族、宗教发展进步要求的自我改良，对一些传统也应进行必要的科学的“扬弃”，不符合“与时俱进”要求、阻碍民族、宗教发展进步的就应丢弃，符合广大穆斯林群众的切身利益的就努力去做，如积极倡导“遵经革俗”，提倡“厚养薄葬”（即晚辈对父母等长辈在世时应孝敬；丧葬中应节俭、速葬、薄葬）、婚丧俭办等。但是，要特别注意循序渐进，要注意方式方法。其主要目的在于把广大伊斯兰教界人士和穆斯林群众团结起来，把他们的主要意志和精力引导到“三大文明”建设中来，同心同德，与时俱进，为国泰民安，各族人民安居乐业、幸福安康，并为伊斯兰教事业健康发展、穆斯林大众“两世吉庆”而共同努力奋斗！

其五，进一步加强“爱国爱教”、“民主办教”、“团结进步”的教育，在民族及宗教内部倡导自己内部“关起门”来多研究当前面对的涉及民族、宗教发展、进步的重大问题，要多些民主、多些宽容，要多讲“爱国爱教”、多讲“民主办教”、多讲“团结进步”，要多讲稳定和发展，像维护自己眼睛一样维护好伊斯兰教界及社会的团结稳定，凡是涉及团结稳定和发展进步的事就是大事，凡是有利于祖国繁荣昌盛、有利于各民族共同繁荣进步、有利于社会稳定与发展，以及有利于宗教事业“与时俱进”、与社会主义社会相适应的事就去做，凡是不利的就不做、就要进行坚决抵制。在宪法、法律、法规及政策允许的范围内，按政府依法管理宗教事务的要求，正常、有秩、健康地进行各项宗教事务活动。同时，在复杂的国际形势下，还要注意防范和抵制境外宗教极端势力、民族分裂势力、恐怖势力等 “三种”势力的影响或渗透，维护国家和我们民族、宗教的安全。