《云南中医学院学报》创刊于1978年，是云南省教育厅主管，云南中医学院主办的综合性中医药学术类期刊。

1978年，《云南中医学院学报》创刊。

2006年，由季刊变更为双月刊。

2010年5月，《云南中医学院学报》网站开通。

2014年11月，该刊成为原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

《云南中医学院学报》主要反映中医药科研、医疗、教学等方面的新成果、新信息。设有中医基础理论、实验研究、方药研究、临床研究、针灸推拿、民族医药、药用植物资源等20余个栏目。

2013年，《云南中医学院学报》“民族医药”栏目获第四届云南期刊奖优秀栏目奖。

据2018年6月《云南中医学院学报》官网显示，《云南中医学院学报》第八届编辑委员会有编委48人，编辑1人。

2016年12月8日，云南中医学院党委书记王翠岗到学报编辑部就迎接学校第三次党代会准备情况进行走访、调研，并与学报编辑部出席党代会的党代表进行座谈。

据2018年6月23日中国知网显示，《云南中医学院学报》共出版文献4207篇。

据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》载文量为2432篇。

据2018年6月23日中国知网显示，《云南中医学院学报》总被下载487381次、总被引18222次；（2017版）复合影响因子为0.833、（2017版）综合影响因子为0.465。

据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》被引量为8887次、下载量为77144次；2015年影据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《云南中医学院学报》影响因子为0.93，在全部统计源期刊（6735种）中排第1184名，在大学学报（医药卫生）、中国医学（205种）中排第69名。

《云南中医学院学报》2017年中国知网复合影响因子为0.833，在全国24所中医院校学报中排名第10；2017年万方影响因子为0.845，在云南省高校自然科学类学报中排名第3。

《云南中医学院学报》被《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国期刊网》、《CNKI中国期刊全文数据库（CJFD）》、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国学术期刊综合评价数据库》等检索系统和数据库收录。

据2018年6月23日中国知网显示，《云南中医学院学报》是Caj-cd规范获奖期刊。

据2018年6月23日万方数据知识服务平台显示，《云南中医学院学报》获首届全国中医药优秀期刊评比二等奖，是中国高等医药学院校优秀学报和全国高校自然科学优秀学报。

《云南中医学院学报》名称的中文字体和云南中医学院字体相同，学报名称下方是学报英文名。

反映云南中医学院及全国中医药科研、医疗、教学等方面的新成果、新信息，并突出中医药学术特色。