在特定条件下，一些重要的一次代谢产物，如乙酰辅酶A、丙二酸单酰辅酶A、莽草酸及一些氨基酸等，作为原料或前体，又进一步经历不同的代谢过程，生成如生物碱、萜类等化合物。因为这一过程并非在所有的植物中都能发生，对维持植物生命活动来说又不起重要作用，故称之为二次代谢过程。生物碱、萜类等化合物则称之为二次（或次级）代谢产物。

分类

二次代谢产物是一次代谢的继续，二者是相互联系的．

二次代谢的主要途径，根据不同的起始原料，可分为以下五类：

①莽草酸（shikimic acid）途径　生成芳香化合物（aromatics），如酚、氨基酸等．

②β－多酮（polyketides）途径　生成多炔类（polyalkynes）、多元酚 （polyphenol）、前列腺素（prostaglandins,PGs）、四环素（tetracyclins）、大环抗生素（macrolide）．

③甲羟戊酸（mevolonic acid）途径　生成萜类（terpenoids）、甾体（steroids）．

④氨基酸（amonoacid）途径　生成青霉素（peniciline）、头孢菌素（cephloxine）、生物碱（alkaloids）．

⑤混合途径　如氨基酸和甲羟戊酸生成吲哚生物碱（indole alkaloids），由β－多酮和莽草酸生成黄酮类（flavonoids）．