信仰宇宙中存在善与恶两种互相对立的至高力量或神的宗教。这两种对立的力量或神常以光明与黑暗、精神与物质、生与死、创造与毁灭等形式表现出来。含有这种宗教二元论思想的，主要有
琐罗亚斯德教、
摩尼教和
诺斯替教。欧洲中世纪一些
基督教异端派别，如
鲍格米勒派、
阿尔比派等亦有这种倾向。琐罗亚斯德教认为光明、清洁、生、创造等为善端，而黑暗、污秽、死、毁灭等为恶端。善端的主宰是阿胡拉·玛兹达，亦称奥尔穆兹德，即智慧或光明之神，居于恶端首位的神是安格拉·曼纽，亦作阿里曼，为恶神。阿胡拉·玛兹达与安格拉·曼纽是孪生兄弟，他们的父亲和主宰是佐尔文(意为无限时间)。世界是善神创造的,所以是好的,而世界上一切的败坏均来自恶神。善神最终将战胜恶神，使世界复归于善，而恶神终将灭亡。摩尼教则强调精神与物质的对立，认为精神是善，物质为恶，故视由物质构成的世界和人的肉体为恶。诺斯替教亦认为心灵与物质互相对立，相信有一个真实存在的精神世界及一个物质世界（浮兮斯），至高神的本质是心灵、生命和光，物质世界绝不是出于他，而是一位低于他的巨匠造物主所造。人的灵魂来自精神世界，肉体则来自浮兮斯，灵魂处于肉体之中就得不到解脱，只有彻底觉悟，抓住诺斯（灵知）方能超脱。因此，摩尼教和诺斯替教都否定世界，主张禁欲。摩尼教对鲍格米勒派、阿尔比派等有重要影响。诺斯替教的某些派别吸收了一些基督教观念形成
基督教诺斯替派。也有人认为琐罗亚斯德教相信善神最终将战胜恶神，所以不完全是二元神教。有的学者据此认为二元神教其实是
一神教的变体。