个人事业税的课税主体为从事上述三类事业的个人的事务所或营业所所在地的都道府县，对于那结不设事务所或营业所而从事上述三类事业的个人，则由从业者住所或居住地中与其从事营业关系最密切的住所或居住所在地的都道府县政府征收。
法人事业税为都道府县税，纳税人为在都道府县内设有事务所、营业所从事营业活动的法人，法人事业税的纳税偿不分国内法人与国外法人，但只在都道府县内有资产而不从事营业活动的国外法人不承担纳税义务。无法人资格的社团或财团，如果有代表者或管理者，而且从事盈利性营业，那么就视其为法人课征法人事业税。
日本红十字会、商工会议所、民法第34条规定的法人、属于法的工会等，所从事的盈利性经营需缴纳法人事业税。但是，政府部门、公益法人等不承担出法人事业税纳税义务，对林业、矿产采掘业和特定农业合作法人从事的农业，也不课征法人事业税。
原则上讲，法人事业税的课税对象是法人的所得。但是，考虑到某些行业，仅用所得难以正确反映其业务量的规模，因而对某些行业做了特殊规定。具体有三种情况：（1）供电业和供汽业（煤气）以收费收入为课税对象；（2）人寿保险业和财产保险为一以一定比例的保费收入为课税对象（由法律规定，且人寿保险业与财产保险业不同）；（3）其他行业法人以各年度的所得为课税对象。法人所得的计算方法，原则上与国税中的法人税相同，但有以下特例。如国外税额列为支出，报业、
报纸发行业、研究出版业、教科书供应业和一般广播业等，只对其二分之一的所得课税。
以收入为课税对象的法人事业税的标准税率为1.5%，以所得课税对象的法人事业税标准税率，根据所得金额的大小，实行5.6%—11%的累进税率。此外，法人事业税的最大浮动幅度为1.1倍。
法人事业税实行申报纳税制。纳税人必须在会计年度终结日后的两个月内向事务所或营业所所在地的都道府县征税部门申报并缴纳税款。与法人税和法人居民税同样，会计年度超过6个月的法人需进行中期申报和缴纳，在年度开始后满6个月之后的两个月内进行中期申报，缴纳税额或者为上年度纳税额的二分之一，或者按中期决算报告，求出实际应纳税额。中期申报的纳税额在年终申报纳税时扣减。
在两个以上的都道府县区域内设有事务所，营业所的法人，要将其应纳税额，按其在各都道府县内的固定资产和从业者数的比例，将其应缴纳的事业税额进行分解，分别向各都道府县缴纳。