九天应元府是三清山三清宫景区明代道教按八卦迷宫布局古建遗留之一，蕴含深厚文化隐义，其命名和建置独特，为其他道教名山所无。

九天应元府为雷神所居之府，俗称雷神庙。取自雷神道号：“九天应元雷声普化天尊”。按道教说法，雷神火也，离位在南方，南属火属电，所以建雷神庙。雷神为替天行道之神，在早期的民间信仰中，雷神是轩辕皇帝的化身，自古为人们敬畏，他不仅给人们带来雨水，而且惩治人间邪恶。道教正一派在一些大型斋醮礼仪中常设有雷神的牌位，并在科仪中有召雷部诸天君的内容。踏进此处陈运和写诗称道：“十几个石雕的小菩萨坐着 正讲述关于九天应元府的轶事 遥远又遥远 曾作为三清宫的一所附属 石垒观宇的梦已十分苍老 入内，便引人注目 站在这儿眺望 眼前会有不尽的思路 小观是一首道教结构的小诗 小诗属一座华夏文化的建筑”。

九天应元府坐落于世界自然遗产、中国国家风景名胜区三清山三清宫景区东南，距三清宫上方710米处石阶路南侧。背朝路，坐北朝南略向东偏，海拔1560米。为文王八卦“离”位建置，卦数为九。其旁有泉，名应元泉。

九天应元府为一花岗岩石干砌小殿，明代建筑，宽1.86米，进深1.24米，台座高0.9米，通（脊）高3.15米，面积2.3平方米，中部四面通风，顶上歇山式结构，造型粗犷。正面额坊上刻有“九天应元府”五字，两旁殿柱上有楹联石刻但字迹已模糊难辨。内供石雕神像三尊，主像前置石香炉，神像头在文革中被毁。

九天应元府东南下侧百来米处，2005年10月开辟为东海岸北端接口。

此建筑为何不简称雷神庙而繁称“九天应元府” ？今据考释，内含诸多隐义：

1、九为阳数之极，为大也，天为至高的尊称，雷有五雷之说，殿名为“九天应元府”五个字，可隐指为九五之尊，天之骄子也。又府居南方离位，离数为九。按自然山势，其位居最高处，亦含有九五之尊和九九归一之义。

2、九天：一说中央与八方，也作九野，比喻皇宫或九州岛万邦。一说天有九重，其中上上天最高，其居九天之最顶，乃玉帝玉皇之住处。天帝统御着九天诸神，而九天诸神又分别按职责管理着人间世界。此处隐九天应元府有天帝所居之尊。

3、前后略称为“九府”，引申为该府殿为官府象征而非庙。

如为“九庙”，则是历代帝王为进行宗法统治，供奉先祖的地方，也用以代指封建王朝。

4、九天应元府按今从左到右读法，即以倒装句来读为“府元应天九”。元有原始，元数为一之义。隐含朱元璋名讳“元”字和明王朝南京京都治所“应天府”。应天在北宋初叫宋州，景德三年（1006年）升为应天府，大中祥符七年（1014年）建为南京。1356年（至正十六年），朱元璋攻克集庆，改集庆路为应天府，作为根据地，朱元璋自称吴国公。洪武元年（1368）一月四日，朱元璋在应天称帝，建立了大明王朝,国号明，是为明太祖。以应天府为南京，为首都，以开封为北京，为陪都。1378年，罢北京，改南京为京师。永乐十九年（1421年）朱棣迁都北京。正统六年（1441年）英宗朱祁镇将应天定为南京。此处是巧借雷神所居之府象征明初朱元璋置都南京应天府，希望把生前享受过、经历过的特殊象征物作为陪葬品，以期在另一个世界中继续享用，所以庙名不惜避简而就繁，所以将九天应元府设于离卦，位居南方，以象征南京。

5、雷神有善良正直、消灾度厄、惩治邪恶的威权，“应元”含有应归本原的意思，隐含有借雷神之威，事死如事生，继承于太祖，雷霆于天下之意。

九天应元府与天一水池、龙虎殿呈南北轴线相连之势，构成了天、地、人三者合一，也即天人合一的至尊王者格局，是三清山明代道教总体建筑布局不可或缺的重要组成之一。