清朝康熙帝在位六十一年，统治期间文治武功，史称康熙盛世，又因皇子众多，形成众皇子争夺皇位继承人之激烈场面。康熙帝四子
胤禛（即
雍正）（
江华饰演），凭着其坚毅性格、处事果断和对权术的熟谙，终在
九子夺嫡之中脱颖而出，于康熙六十一年继位，次年一七二三年改为雍正元年；雍正登基后，深谋远虑，欲令大清皇朝继往开来，走向另一个繁荣盛世。雍正十三年，
八爷党策划政变，欲逼宫令雍正退位，但雍正以权术谋略破解众人奸计，引领自己和江山走出困局；唯汉女
吕四娘（
张可颐饰演）仍未抛却亡国之恨，誓要反清复明，怎料却在行刺正之时，风云变色，二人被卷进湖中黑洞，时空转移下，一同来到现代的香港。
雍正和四娘随黑洞分别堕进车祸现场，二人受伤，被送进医院，醒来后，均被所处环境吓得目瞪口呆，迷茫、震惊；正机缘巧合下，代替了持单程证来港的
李大虾，而被大虾的表叔
宝飞接了返家；四娘则因身手了得，被武术队教练赏识，教练为四娘取得身份证明文件，并收娘为武术队成员；后来四娘随武术队来港表演，再与正重遇，令正确知因时空转移来到现代世界，在知道无法返回清朝后，正就以大虾的身份，留港安身立命。
大虾努力学习，成为现代人。大虾辗转进入
岑兆康（
秦沛饰演）所开的企业做小职员，大虾惊觉世代虽然变迁，唯人心依旧，康众儿女为争夺企业王国的承继权，尔虞我诈，令虾想起昔日为争王位，九子夺嫡之事，而康更要周旋于三个妻子之间，齐人之福不易享，因此对康泛起体恤之情，渐渐发展出一段微妙的父子情来。
而四娘离开了武术队后，矢志杀大虾以遂心愿，逐流落街头，尝尽辛酸，但仍不失其侠义襟怀。巧逢康遭袭击，四娘见义勇为，出手相救，虽然事后四娘因追大虾迅速离去，在康心中，四娘已是自己的救命恩人。大虾对四娘力陈不能返回清朝的事实，纵然四娘把其杀了，也无补于事，四娘无奈接受现实，放下与大虾的仇怨。未几，四娘因缘际会再见康，康以为娘因救自己而受伤，决定聘娘当自己贴身保镖。
另一方面，大虾运用权谋步步高升，成为康第三子
岑日礼（
林韦辰饰演）的得力助手，助礼建功立业，但大虾慢慢发现岑日礼的狼子野心，并非贤主，而康第四女
岑日爱（
吴美珩饰演）为人真诚，待属下仁厚，而且一心为公司，决定匡扶之，令爱踏上企业王国承继人之路。娘和虾同是天涯沦落人，娘得以重新认识虾，不似史书记载般阴险毒辣，而虾也被娘的一片赤诚所感动，二人不知觉间都对对方有了好感。因为虾的提携，爱在公司的表现，令康刮目相看，而爱早已被虾的才智折服，对虾倾慕。娘对保护康而出入高级场合的生活，感到和自己性情格格不入，再加上被谣传为康的四姨太，娘为表清白，决定请辞。此际，康欲为退位作出部署，因此对虾特别器重，有意招虾为乘龙快婿。康要求虾入赘，并承诺虾和爱结婚后，公司继承权便会交到二人手里，但经过种种事情，虾知道娘才是心中真爱。最后，虾经过深思熟虑，决定离开康的公司，退出名利场，返璞归真，和娘一起展开更有意义的新生活。
《九五至尊》基本保持了《寻秦记》的风貌、搞笑但不“发疯”，实际上它是《
寻秦记》的颠倒版：《寻秦记》是今人回到过去，《九五至尊》是古人来到现代。该剧原本可以大大发挥因环境不同而产生的喜剧场面，但全剧夸张和戏谑之处并不多。剧中雍正一直保留那独特的坐姿（正襟危坐）和走法（八字步），但格外可信。TVB延续了《寻秦记》的精致和考究，虚构但不乱来，是快餐，但起码是好吃的快餐，像肯德基。（重庆晚报评）