医院设总院和两个分院，总院（红山医院），分院（南门医院）（小十字医院）。南门分院位于解放南路金融一条街，小十字分院位于解放北路商业中心；总院和分院地理位置的优势为医院的服务网奠定了基础。
医院糖尿病专科是全国重点专科，
心脑血管病专科、肛肠病专科是自治区级重点专科，同时开展了中医药对老年性疾病、精神病疾病、亚健康状态、养生康复的临床研究和治疗。
医院 1996 年被评为“国家三级乙等中医医院”、 1995 年被乌鲁木齐市人民政府授予“科教兴市先进集体”、 2000 年被授权为“新疆医科大学教学医院”、 2003 年被中央乌市委员会、乌市人民政府、乌市警备区共同授予爱国拥民模范单位称号， 2004 年被评为自治区级文明单位，2003 年、2004年 、2007年被评为乌鲁木齐市卫生系统综合目标考核优秀单位。2017年被国家民委评为“第五批全国民族团结进步创建示范区（单位）”。
该院是区级医保、市级医保、兵团医保、铁路医保、兵团工一师、兵团农十二师、城镇居民医保、市（县）新农合等多家医保定点医疗机构；市级医保的工伤、生育保险定点医疗机构； 乌鲁木齐地区所有商业保险公司定点医疗机构； 自治区级医保信用支付单位； 市级、兵团农十二师医保慢病审批指定医疗机构。