中山大学中国古文献研究所成立于1983年，是
国家教委全国高校古籍整理研究工作委员会直属18个重点研究所之一。著名戏曲史研究专家王起（季思）教授为该所第一任所长（1983-1990），刘烈茂教授为第二任所长（1991-2000），麦耘教授担任该所第三任所长（2000.10-2003.5），现任所长为黄仕忠研究员(2003.6--)。
研究所成立之初，根据当时科研人员的特长、地处南国的环境和学校图书资料的状况，分设明清文学研究、岭南文献研究、古代语言文字文献研究三个研究室，分别由郭精锐、
陈永正、麦耘三位老师担任室主任。1998年1月古代语言文字文献研究室的三位老师全部调往本校中国语言文学系工作，2003年11月16日中山大学—香港中文大学华南文献研究中心正式挂牌。现在该所的行政机构设置为华南文献研究中心、明清文学研究室、行政办公室和图书资料室，陈永正研究员、石育良副研究员分别担任研究中心主任和研究室主任。本所曾有教职员工 19 人，现有在岗教职工11人，其中专职科研9人。9 名专职人员中，有正高职称3人（其中博导2人），副高职称5人，中级职称1 人。他们当中有博士学位者5 人，硕士学位者2人。
建所以来，出版各类专著、古籍整理著作200余种，论文数百篇，获省部级以上奖励20余项，在国内外学术界产生了良好的影响。本所目前承担有多项古委会重点项目：《
全粤诗》、《车王府曲本八百种》、《子弟书全集》、《明本潮州戏文五种校点》等，以及《岭南诗派研究》（广东省哲社“十五”规划项目）、《国朝诗集征略》、《木鱼书研究》、《岭南佛学典籍丛刊》、《岭南名山名寺志系列》、《日本所藏善本戏曲丛刊》、《明代稀见戏曲丛刊》等一批省市项目，还与本校中文系合作展开《全明戏曲》、《中国文体学研究》、“非物质遗产研究”等系列课题；同时，与
香港中文大学合作成立“华南文献研究中心”，共同展开对华南传统文献的整理与研究。