中央研究院原子与分子科学研究所（Institute of Atomic and Molecular Sciences, Academia Sinica），常简称为原分所，是
中央研究院辖下的研究机构。该研究所现位于台湾大学校总区内。
1982年7月，第15届
中央研究院院士会议举办期间，
李远哲等15人连暑要求成立原子与分子科学研究所并获得同意。同年12月原分所筹备处成立，由张昭鼎担任首任筹备处主任。1995年4月改制为正式研究所。
原分所内分为
化学动态学与光谱组、尖端材料与表面科学组、生物物理与分析技术组和原子物理与光学组。