中央与地方共建高等学校分为三类，分别为《中央与地方共建高等学校专项资金管理办法》（财教(2002)213号）文件规定的高校，即实行中央与地方共建、以地方管理为主的高校；原中央下划高校与地方院校合并、调整后组成的高校；部分地方重点支持的其他高校。

该项目主要支持共建高校特色优势学科实验室项目的建设。中央财政重点支持与这些特色优势学科实验室建设直接相关的专业实验室建设、具有创新能力和应用前景的工程研发中心建设、人文社科研究基地建设、大型仪器设备共享机制建设。与实验室建设项目直接相关的队伍建设和实验室条件改造所需资金主要由地方和共建高校解决。

共建专项资金是指中央财政为支持共建高校的发展专门设立的资金。共建专项资金主要用于共建高校仪器设备购置、房屋和基础设施的维修改造等修购项目及其他项目。

（一）凡申请共建专项资金项目的高校，应按照规定的共建专项资金使用范围，向所在省、自治区、直辖市和计划单列市（以下简称省）财政部门提交书面申请报告，说明项目具体内容、经费预算和预期效益等情况，并填写《中央与地方共建高等学校共建专项资金项目申请书》。

（二）省财政部门对所属高校提交的书面申请报告和项目申请表审核并编制《××省共建高校共建专项资金项目预算审核汇总表》。省财政部门要在每年3月底前向财政部提交书面申请报告、项目预算审核汇总表和学校项目申请表，并将项目审核意见、资金配套能力等有关重要事项作出说明。

（三）财政部对各省报送的共建专项资金项目申请报告、项目申请汇总表和其他附报文件资料进行审核。财政部于每年5月份之前下达共建专项资金。

对一些大型共建专项资金项目的审核，由财政部组织专家论证或委托中介机构进行评审。中介机构对项目的评审内容、程序等按有关的项目评估管理办法执行。财政部根据专家或中介机构的评审结论将符合要求的项目纳入项目库管理。

（四）财政部根据项目学校事业发展需要、中介机构的评估结论并结合当年预算安排的共建专项资金总额，按项目轻重缓急进行排序后确定项目预算。当年未安排资金的项目，可在下年滚动安排。

项目预算一经确定，财政部应及时向省财政部门下达共建专项资金预算，各省财政部门应在15天内将项目预算批复到项目学校。