中垦农业资源开发股份有限公司主营种子、化肥、农药等农资产品的生产与销售，并涉足农业高新技术及产品的开发和技术转让。而公司第一大股东中国农垦（集团）总公司是中共中央企业工作委员会管理的国有特大型企业，1997年被列为国家120家试点企业集团之一。
本公司由
中国农垦(集团)总公司作为主发起人，联合
江苏省农垦集团有限公司、江苏大圣集团有限公司、中国水果与蔬菜有限公司以及天津开发区兴业房地产投资有限公司共同发起设立，于1999年8月13日登记注册。
本公司经
北京市科学技术委员会认定为
高新技术企业(编号为0121105F)，注册于
北京市中关村科技园区丰台园。中国农垦(集团)总公司投入本公司的资产为原北京中垦农牧有限责任公司、原北京中垦农业物资供销公司、原华垦物资公司、原中国农垦进出口江苏公司、原北京华垦农科公司的经营性净资产；
江苏省农垦集团有限公司投入本公司的资产为原江苏省农垦大华种子集团公司(含17家全资子公司及江苏省农垦大华淮阴种子有限公司80%的股权和江苏省农垦大华种子徐州有限公司52%的股权)经剥离为农场服务的资产及相关负债后的全部净资产；江苏大圣集团有限公司、中国水果与蔬菜有限公司以及天津开发区兴业房地产投资有限公司分别以50万元现金投入本公司。
本公司成立后，进行如下改制：将原江苏省农垦大华种子集团公司的全资子公司江苏省农垦东辛农场、岗埠农场、云台农场、黄海农场、滨淮农场、新洋农场、新曹农场、港农场、沿湖农场、湖西农场、五里江农场、三河农场、宝应湖农场、南通农场种子公司,以及原北京中垦农牧有限责任公司、原北京中垦农业物资供销公司、原北京华垦农科公司分别取消原有法人资格，相应改制为：中垦农业资源开发股份有限公司苏垦东辛、岗埠、云台、黄海、滨淮、新洋、新曹、弓京港、沿湖、湖西、五里江、三河、宝应湖、南通种子分公司及中垦农业资源开发股份有限公司北京农牧分公司、科技发展分公司、北京第一分公司。同时，将原江苏省农垦大华种子集团公司所持有的江苏省农垦大华淮阴种子有限公司80%的股权及江苏省农垦大华种子
徐州有限公司52%的股权转由本公司直接持有以原江苏省农垦大华种子集团公司总部及其全资子公司江苏省农垦白马湖农场种子公司、江苏省农垦淮海农场种子公司、江苏省农垦临海农场种子公司经评估的净资产2981.7万元出资，与江苏省农垦集团有限公司合资组建了江苏省农垦大华种子集团有限公司，本公司占90%权益；以原华垦物资公司经评估净资产4250万元，与中国农垦(集团)总公司及原华垦物资公司19名员工合资组建了华垦物资有限公司，本公司占85%权益；以原中国农垦进出口江苏公司经评估净资产900万元出资，与
中国农垦进出口公司合资组建了中垦进出口江苏有限公司，本公司占90%权益。
油料作物、蔬菜、花卉、剑麻、水果的种植、加工销售；粮食种植、水产品养殖、加工、销售；农业高新技术及产品的开发、技术转让、技术服务；种子加工设备、检验仪器的销售、安装；饲料及
饲料添加剂、针纺织品及服装、皮革制品的生产、销售；货物仓储服务；农作物种子经营