中国食品发酵工业研究院有限公司于2000年06月06日成立。法定代表人蔡木易，公司经营范围包括：《食品与发酵工业》的出版发行（有效期至2023年12月31日）；食品工程、生物工程技术研制开发及技术咨询、服务、转让；生物工程技术科研和生产所需的原辅材料、机械设备、仪器仪表、化工材料（不含危险化学品）、食品包装材料、食品机械设备及配件、食品质量及卫生检测设备的销售；质量检测；计算机信息网络技术开发；市场信息服务；工程咨询；进出口业务；设计和制作印刷品广告，利用本所主办的《食品与发酵工业》月刊发布广告；自有房屋出租；菌种鉴定与评价等。

国家标准化管理委员会批准：中国食品发酵工业研究院有限公司承担国际标准化组织生物技术技术委员会分析方法分委会（ISO/TC 276/SC 1）等1个国际标准化组织（ISO）技术机构国内技术对口单位。

2020年4月，入选国务院国资委“科改示范企业”名单。

2022年2月11日，入选2022年北京市科普基地拟命名名单。

2022年2月10日，入选2021年度第二批拟认定北京市专精特新“小巨人”企业名单。

2022年10月，被评为“2022年国家技术创新示范企业”。