中国音乐学院音乐学系建立于1981年，前身是北京艺术学院音乐理论学科。音乐学系现设民族音乐和音乐史两个教研室。

中国音乐学院音乐学系教师全部拥有硕士学位，其中，博士六人，双硕士一人，国家级有突出贡献专家一人，获国家“区永熙优秀音乐教育奖”三人。2005年，音乐学系民族音乐教学获北京市优秀教学成果一等奖，民族音乐教研室被北京市授予“人才强教”学术创新团队；2006年，音乐学系一位教师又获得北京市授予的“拔尖人才”称号。

音乐学系培养具有一定的马克思主义基本理论素养和系统的专业基本知识，具备一定音乐实践技能和教学能力，能在专业或普通院校、社会文艺团体、艺术研究单位和文化机关、出版及广播、影视部门从事教学、研究、编辑、评论、管理等方面工作的高级专门人材。

建系以来，音乐学系培养本科毕业生114人，硕士生27人，其中有六人在其他院校（含香港与国外留学）进一步深造，获博士学位。近年来，他们已逐步成为各教学、科研岗位的骨干力量。

音乐学系本科必修的本专业课程包括汉族民歌、说唱音乐、戏曲音乐、民族器乐、少数民族民歌、世界民族民间音乐、民族音乐学概论、采风技能、中国古代音乐史、中国近现代音乐史、西方音乐史、音乐美学、古代乐论等专业课程。此外，音乐学系还承担全院各系音乐学方面上述所有课程的共同课教学；同时，音乐学系教师还为全院开设了20余门选修课程。