钱穆的代表作。作者自1931年秋始任教北京大学，即为学生讲近三百年学术史，边讲边撰，反复修订，首尾5年成书。1937年由商务印书馆初版，在学术界产生过较大影响。全书除自序和首章引论外，以13章分论明季至清末学术思想史上的主要思潮、流派、人物的主要学术思想及其相互关系。论述对象有：黄宗羲（附陈确、潘平格、吕留良），王夫之，顾炎武（附马驌），颜元、李塨，阎若璩、毛奇龄（附姚际恒、冯景、程廷祚、胡渭、顾祖禹），李绂（附万字兆、王白田、朱泽沄、全祖望、蔡上翔），戴震（附江永、惠栋、程瑶田），章学诚（附袁枚、汪中），焦循、阮元、凌廷堪（附许宗彦、方东树），龚自珍（附庄存与、庄述祖、刘逢禄、宋翔凤、魏源、戴望、沈垚、潘德舆），曾国藩（附罗泽南），陈澧（附朱一新），康有为（附朱次琦、廖平、谭嗣同）等。书末附表以编年体例介绍300年主要学术活动。

钱穆反对宋学与清学的二元分割论，详论明季和有清一代学术与宋学的内在联系，指出明清之际学术的源头乃宋学精神。宋学精神就是“道德仁义圣人体用以为政教之本”的精神，其革新政令、创通经义之所寄，则在书院。宋元明三朝600年学术与书院兴衰息息相关，而以东林为殿。而明清之际学者则源于东林。阳明学继朱子（见朱熹）而有变异，东林学继阳明而有变异。在“无善无恶性之体”、“工夫与本体”、“气质之性与义理之性”诸问题上，东林诸儒颇欲挽王学末流之弊而有自王返朱之倾向，其气节操守和避虚归实，重在实行之实学精神，不仅启导清初遗老，而且启导乾嘉朴学。

作者精于考据，忠实史实、史料，爬梳论主精华，述介论主主要学术精义，尤其能注意论主对宋明学术某派、某论之批判继承的关系，又能准确抉发论主之师承流派和理论渊源，以及论主间的相互影响和相互批评，使读者对整个17～19世纪的中国学术史及其流变有全面的了解，亦对此间杰出人物之个案有深切的认识。由于本书史料准确，论证严谨，因此，迄今为止，仍为研究这一断代思想史的重要参考书。其中关于宋明义理与清代考据之学（即宋汉之间）和今古文经学之间的关系，关于经学与理学、与史学之关系，关于程朱陆王学术在清代的发展，关于实学思潮，关于乾嘉朴学内部的分歧等等，作者都有不同于流俗的见解。此书现有台湾商务印书馆印本和北京中华书局影印本。