中国科学院科学出版基金成立于 1989年12月，成立以来，中国科学院曾两度增加拨款，现已累计投入出版基金5000万元，择优资助科技学术期刊600多种（次）、图书1000多种，使科学出版基金成为国内年投入资金额度最大（400万元）、资助出版科技书刊种数最多的出版基金。

科学出版基金资助书刊的出版对国内外学术交流、为科教兴国培养人才、推动科技成果向现实生产力转化、促进科技进步和国民经济建设的发展具有深远的意义和影响。

2003年以来，科学出版基金只资助优秀科技图书的出版。

中国科学院科学出版基金现设五个学科组，分别是：数理化科学学科组、生命科学学科组、地球科学学科组、技术科学学科组和信息技术科学学科组。